La pyriculariose du riz est la principale maladie fongique la plus destructive de cette culture au Burkina Faso et au Togo. Afin d'élaborer une méthode de gestion durable de cette maladie, la connaissance de la diversité de l'agent pathogène s'avère nécessaire. L'objectif est d'acquérir des données sur la structure génétique des isolats de M. oryzae collecté entre 2013 et 2015 au Burkina Faso et au Togo. Treize (13) marqueurs microsatellites ont été utilisés pour caractériser 220 isolats selon la méthode décrite par Adreit et al. (2007). Les résultats révèlent un niveau de polymorphisme très élevé entre les isolats. Les valeurs moyennes de la diversité (He) et des allèles par marqueur sont respectivement 0.55 et 9.36. Sur la base de la taille des séquences génotypes, 86 génotypes multilocus (MLGs) ont été identifiés. Ces résultats sont la conséquence probable de la diversité variétale du riz et de l'action environnementale sur l'expression des gènes chez le pathogène. Des MLGs sont partagés entre les deux pays et les pays voisins. Ce qui est probablement la conséquence directe des échanges de matériel végétal infecté entre ces pays. Ainsi, ces données couplées à la pathogénie de chaque génotype multilocus permettront l'amélioration des résistances de riz à la pyriculariose et les diverses relations identifiées nous inspirent des réflexions sur les stratégies de lutte contre M. oryzae excluant toute spécificité d'action dans la gestion de l'agent pathogène à l'intérieur d'un même pays.