L'agriculture de conservation (AC) a été introduite à Madagascar dans l'objectif de maintenir la durabilité des cultures pluviales. L'AC et l'élevage de ruminants doivent être considérés comme des activités complémentaires et synergiques mais des compétitions pour l'utilisation de la biomasse peuvent néanmoins apparaître dans certaines circonstances. En effet, l'AC permet de fournir des ressources fourragères pour l'alimentation des ruminants. En contrepartie les ruminants recyclent une partie de la biomasse ingérée, mais non digérée, sous forme de fumier. Les ruminants permettent ainsi d'améliorer la fertilité du sol via l'apport de fumier. Le recyclage des nutriments au sein d'une exploitation mixte d'agriculture-élevage peut être optimisé en améliorant les techniques de conservation des résidus des cultures et des effluents d'élevage. Cette thèse vise à acquérir des connaissances pour une gestion optimisée des biomasses végétales et animales afin d'améliorer la production agricole. Le principe est de favoriser le recyclage des biomasses végétales et animales en limitant les pertes en nutriments au sein de l'exploitation agricole. Pour cela, trois systèmes de culture pluviale ont été suivis en milieu contrôlé durant trois campagnes (2013 à 2016) : (i) rotation du riz avec du maïs associé à crotalaire en AC, (ii) rotation du riz avec de l'avoine en AC et (iii) rotation du riz avec du maïs associé au haricot en labour. À l'intérieur de chaque système de culture, quatre types de fertilisation ont été comparés : (i) aucune fertilisation, (ii) 5 t ha-1 de fumier conventionnel, (iii) 5 t ha-1 de fumier amélioré et (iv) 5 t ha-1 de fumier conventionnel + fumure minérale. Nous avons installé et suivi également les systèmes de culture ii et iii, et les deux fertilisations ii et iii en milieu paysan, pendant deux campagnes (2013 à 2015). Les rendements en grain de riz sont 27% et 48% supérieurs en utilisant le fumier amélioré ou la fumure minérale, respectivement, par rappo