Dans un contexte global d'évolution rapide de normes internationales de régulation du secteur semencier et d'interpellation sur la préservation des ressources de biodiversité cette communication interroge les mécanismes institutionnels qui président au développement de l'innovation variétale. Elle mobilise pour cela un cadre d'analyse en terme de système d'innovation sectoriel pour analyser comment se construisent les politiques publiques semencières en posant l'hypothèse de leur gouvernance exogène. Les résultats mettent en regard croisés les situations de Madagascar et du Burkina Faso et soulignent comment les variables macro-économique et les politiques agricoles structurent la coexistence de différents régimes sociotechniques.