L'agriculture doit répondre à des enjeux de plus en plus complexes. Elle doit en effet produire plus pour satisfaire à une demande alimentaire toujours croissante ; avec moins, compte tenu de la raréfaction des ressources naturelles; en s'adaptant à de nouvelles contraintes liées aux changements brutaux que subissent les socio-écosystèmes. L'agroécologie propose un cadre théorique pour concevoir des systèmes agricoles à la fois productifs, autosuffisants, efficients et résilients, à même de répondre à ces enjeux agricoles. La thèse est centrée sur l'analyse agroécologique de l'intégration agriculture-élevage (IAE) dans les systèmes mixtes agriculture-élevage (SMAE). Nous questionnons dans quelles mesures, à l'échelle des exploitations agricoles, l'IAE, peut contribuer aux performances agroécologiques des SMAE, et par-delà, aux enjeux de l'agriculture. Cette problématique a été déclinée en deux sous-questions : i) l'IAE peut-elle être analysée comme un réseau de flux de nutriments à l'échelle de l'exploitation agricole, possédant ainsi des propriétés de structure et de fonctionnement similaires à celles des écosystèmes; ii) les SMAE les plus intégrés i.e. les réseaux de flux de nutriments les plus diversifiés et les plus complexes, sont-ils agroécologiquement performants, tout à la fois productifs, efficients, autosuffisants et résilients. Pour répondre à ces questions, nous avons tout d'abord développé un cadre méthodologique fondé sur l'analyse des réseaux écologiques (ENA) pour apprécier les propriétés des agrosystèmes. Cette méthode a été testée, sur huit cas d'études théoriques présentant un gradient de diversité d'activités agricoles et d'IAE. Cette méthode, une fois validée, nous a permis de caractériser d'une part l'IAE à l'échelle de l'exploitation agricole et d'autre part de mesurer les performances globales des exploitations. Ce cadre méthodologique a été appliqué sur dix-sept exploitations mixtes en zone tropicale humide, issues de trois territoires prése