Le cuivre, souvent utilisé pour gérer les bactérioses en agriculture, est largement utilisé dans la lutte contre Xanthomonas citri pv. citri (Xcc), agent responsable du chancre Asiatique des agrumes. La récente détection d'un phénotype résistant au cuivre (CuR) chez Xcc dans deux territoires ultramarins Français a motivé une étude génomique qui a révélé, dans les génomes de souches CuR, la présence d'un plasmide conjugatif portant un transposon adaptatif de type Tn3. Sa conservation chez plusieurs espèces de Xanthomonas phytopathogènes suggère le rôle des transferts horizontaux (HGT) dans l'adaptation de Xcc. Nous avons donc analysé, dans l'océan Indien, les relations phylogénétiques de souches sensibles et CuR en prenant en compte à la fois les SNP et les variations de contenu en gènes. La datation de la phylogénie a permis de formuler des scenarii d'introduction de la bactérie dans la région. La phylogénie a montré une structure géographique forte à l'échelle de l'Océan Indien, qui s'estompe à l'échelle de la Réunion et disparaît à l'échelle du verger. Au sein des vergers, l'admixture est un élément favorable aux HGT entre souches génétiquement différentes. Ils sont pourtant peu caractérisés chez les bactéries du genre Xanthomonas. Nous avons ainsi analysé la dispersion de l'ensemble des gènes plasmidiques connus de la famille des Xanthomonadaceae dans l'ensemble des génomes bactériens de NCBI, mettant en évidence à la fois la forte prévalence des gènes plasmidiques au sein des Xanthomonadaceae mais aussi la limite taxonomique forte à leur échange par conjugaison. L'importance du mosaïsme plasmidique, en partie lié aux éléments mobiles a aussi été illustrée. L'ensemble de nos résultats souligne l'importance des HGT dans l'évolution des bactéries du genre Xanthomonas, et la nécessité de caractériser finement le contenu et le fonctionnement du génome environnemental des Xanthomonadaceae pour appréhender au mieux l'adaptation de ces bactéries phytopathogènes.