Genotipagem por enriquecimento e captura direcionada de genes candidatos em Coffea canephora
De Aquino S.O., Tournebize R., Marraccini P., Mariac C., Couderc M., Bethune K., Cubry P., Andrade A.C., Darracq O., Lepelley M., Crouzillat D., Kiwuka C., Anten N.P.R., Manel S., François O., Vigouroux Y., De Kochko A., Poncet V.. 2019. In : X Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Vitória : EMBRAPA, 6 p.. (Anais do Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 10). Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 10, 2019-10-08/2019-10-11, Vitória (Brésil).
A captura direcionada de sequências acoplada ao sequenciamento de alto rendimento tornou-se um método poderoso para o estudo da variação de sequências genômicas. Usando o genoma disponÃvel de C. canephora (tamanho estimado de 710 Mb/haplóide) como referência, projetamos sondas para 323 genes candidatos selecionados (CGs) visando capturar seus homeólogos em 293 acessos de C. canephora da Uganda, 12 clones do Brasil e um subconjunto de 19 indivÃduos cobrindo todos os grupos de diversidade de C. canephora. Para um total de 324 indivÃduos de C. canephora, projetamos, com sucesso, cerca de 19.000 sondas e identificamos mais de 16.000 polimorfismos de nucleotÃdeo único (SNPs) de qualidade, localizados dentro ou próximo a 318 genes anotados, gerando dados genotÃpicos para populações que estão localizadas em regiões que abrangem diferentes condições climáticas. Nós investigamos questões como desenho das sondas, cobertura do sequenciamento, eficiência da hibridização e captura, e estratégias de análise dos dados por bioinformática.
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- Marraccini Pierre — Dgdrs / Dgdrs