La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l'agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l'Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l'Union des Comores et La Réunion. L'objectif général de cette thèse était d'identifier, parmi les trois compartiments de l'approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d'EBLSE dans le SOOI. La prévalence d'EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d'identifier les animaux d'élevage comme le probable réservoir principal d'EBLSE dans le SOOI. L'approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l'hypothèse d'un réservoir majeur d'EBLSE chez les animaux d'élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l'exposition de l'homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l'absence de sécurité des aliments, de système d'assainissement et d'accès à l'eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d'élevage dans la colonisation par les EBLSE de l'homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l'antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire.