Des pullulations d'aleurodes du complexe d'espèces cryptiques de Bemisia tabaci ont été associées à la propagation de deux maladies frappant le manioc en Afrique orientale: la maladie de la mosaïque du manioc (CMD) et, plus récemment (2000), la maladie de la striure brune du manioc (CBSD). Parmi les espèces d'aleurodes de ce complexe, l'espèceSSA2 a été associée à la première épidémie de CMD au cours des années 1990 en Ouganda. Cependant, SSA2aurait été remplacée par SSA1 dans les années 2000, provoquant une recrudescence de CMD et de CBSD, participant à leur propagation dans plusieurs pays voisins. L'hypothèse défendue à ce jour expliquant la propagation de ces maladies vers le sud et l'ouest de l'Afrique incrimine cette nouvelle espèce considérée comme émergente et même invasive dans certains de ces pays. Dans ma thèse, j'ai utilisé des données écologiques et des approches moléculaires (marqueurs mitochondriaux et nucléaires) afin de mieux comprendre les facteurs à l'origine des pullulations de vecteurs en Afrique de l'Est. Nous avons ainsi analysé : i) l'abondance, la diversité et la répartition des espèces (géographiques et plantes hôtes) sur un transect au travers trois pays : Ouganda, Tanzanie et Malawi, ii) la diversité génétique et la structure des populations actuelles des espèces de B. tabaci, iii) des échantillons de collections des années90 (dans les zones forte incidence de CMD)qui ont été comparées aux populations actuelles(2017).Cette étude très large nous a permis d'avoir une image d'une situation plus complexe qu'attendue, en effet, l'espèce SSA1 a été détectée comme à l'origine de certaines des pullulations observées mais, également d'autres espèces, notamment IO et SSA1-SG3ont aussi montrées cette capacité. Les foyers observés ne sont donc pas liés à une seule espèce en Afrique de l'Est. De plus, nous avons montré que la communauté d'espèces et sa diversité génétique diffèrent d'un pays à l'autre, impliquant différentes situations épidémiologiques