Cet article introductif part du renouvellement des enjeux du développement en Afrique au regard de l'accroissement des inégalités, du changement climatique, de l'insécurité alimentaire, de la croissance démographique, des conflits politiques pour interpeller l'efficacité des politiques publiques. Il interroge, dans ce contexte, comment adapter un cadre d'analyse systémique et interactif de l'innovation pour renforcer les capacités sociétales vectrices de nouvelles trajectoires technologiques, économiques et sociales. Cette proposition met ainsi en exergue comment le cadre d'analyse du Système National d'Innovation (S.N.I) reste incomplet pour appréhender les différentes structures de gouvernance de l'innovation. Enfin, pour que l'innovation puisse être un vecteur de développement inclusif et durable des économies les plus fragiles, il est nécessaire de renouveler les indicateurs prioritaires qui pilotent la recherche et la technologie. Trois axes structurent notre numéro spécial et portent sur la nécessité de renforcer les Capacités tout en améliorant les mécanismes de gouvernance de l'innovation.