Este artigo analisa os fatores de diferenciação institucional nos processos de certificação participativa de produtos orgânicos. Realizada junto aos Organismos Participativos de Avaliação da Conformidade (OPAC) que operam no estado do Rio Grande do Sul, a pesquisa visava inicialmente responder se eles estariam convergindo para formatos organizacionais e estratégias similares. A hipótese inicial sugeria o isomorfismo desses organismos em virtude de pressões institucionais coercitivas, normativas e miméticas. No entanto, devido à rejeição da hipótese inicial, buscou-se, então, identificar os fatores que produzem diferenciação institucional. Foram examinados instrumentos normativos que regulam a certificação orgânica, os documentos internos de gestão dos OPACs, transcrições de entrevistas individuais e coletivas com stakeholders e anotações de observações das reuniões e procedimentos de certificação. Os resultados demonstram processos de dissociação (decoupling) impulsionados por três fatores principais: ambiguidade e heterogeneidade do ambiente institucional, resistência dos atores às pressões isomórficas e dinâmicas internas de poder relacionadas com o formato de participação social em cada OPAC.