El manejo de los recursos naturales requiere una visión integrada del funcionamiento del paisaje; muchos procesos ecológicos son determinados por la forma en que se usa y maneja la tierra. En este trabajo se estudiaron las relaciones y factores socioambientales que moldean la fragmentación y la conectividad de los bosques en la porción Sierra Madre del Sur del Corredor Biológico Mesoamericano (CBSMS), México. Con datos de campo, imágenes satelitales e información ecológica de tres especies de crácidos, se analizó el grado de fragmentación, conectividad funcional, usos del suelo y condición ecológica de los bosques del CBSMS. También se realizó un análisis a nivel de terreno con información de 106 entrevistas, sobre los factores causales del cambio de uso del suelo en las zonas cafetaleras, que abarcan una amplia extensión de la región estudiada. En general, los hábitats de las tres especies estuvieron adecuadamente conectados, excepto en tres zonas de la periferia del área de estudio, las cuales presentaron alta fragmentación y bajos valores de conectividad. Este último atributo, la conectividad del paisaje, depende en gran medida de fragmentos que presentaron una condición ecológica intermedia y baja (debido a la presencia de bosques secundarios y sistemas agroforestales de café). La superficie forestal y agroforestal modificada en el período fue de 2,631 ha. El 93% de esos cambios correspondieron a la pérdida y degradación del hábitat. Los factores causales predominantes de los cambios en sistemas agroforestales de café fueron: la incidencia de plagas y enfermedades, la baja rentabilidad y la frecuencia de deslaves en las parcelas. La volatilidad del precio del café, los efectos del cambio climático, y la reducción de apoyos gubernamentales amenazan la persistencia de los cultivos de café bajo sombra y la biodiversidad en esta región, por lo que las medidas de adaptación que se planifiquen en los próximos años serán decisivas para continuar apoyando los objetivos