O artigo discute os desafios das políticas públicas em promover a governança dos recursos naturais na região do Submédio rio São Francisco, em particular as interações por vezes conflituosas entre segurança hídrica, alimentar, energética, e socioambiental. A evolução dos processos de ocupação do território e de implementação de políticas públicas será apresentada numa primeira seção, com foco nos projetos energéticos e suas interações com a utilização de recursos hídricos e com questões produtivas e agrárias. A segunda seção apresenta os dados primários de investimento público na região, cujo alvo tem sido os projetos eólicos, e as interações interinstitucionais para a execução destes recursos. A terceira seção discute os riscos apresentados pelos projetos eólicos, no sentido de reproduzir os padrões desiguais de investimentos no território e aumentar a vulnerabilidade socioambiental, apesar do potencial destes projetos em promover a mitigação das mudanças climáticas.