Le Cirad (UMR AGAP) a développé une plateforme de phénotypage racinaire (le Rhizoscope) pour réaliser directement des mesures sur les racines et établir des cinétiques de croissance et de développement. Cet outil est basé sur un système hydroponique original permettant la croissance des plantes jusqu'à un stade adulte dans un substrat inerte pris en sandwich entre 2 feuilles transparentes en plexiglas. Ce substrat est constitué de billes de verre qui ont l'avantage de recréer les conditions d'une résistance mécanique à la pénétration et de faciliter l'accès à la totalité du système racinaire sans passer par des phases de nettoyage chronophages et coûteuses financièrement. Cette plate-forme a été utilisée pour différents types d'analyses génétiques chez le riz. Une évaluation de l'angle de cône racinaire a été réalisée sur un panel de génétique d'association constitué de plus de 300 cultivars. Les analyses d'association phénotype/génotype ont permis d'identifier 55 régions génomiques associées à ce caractère dont 4 colocalisent avec des gènes connus. Les expériences de phénotypage fin menées sur le Rhizoscope ont aussi permis le clonage positionnel d'un QTL de profondeur racinaire dans une région de 30kb comprenant 5 gènes sur le chromosome 9. Ces résultats montrent l'utilité du Rhizoscope dans les programmes de sélection variétale assistée par marqueur.