La bioéconomie questionne le renouvellement des méthodes d'évaluation des performances des filières. Les méthodes traditionnelles très liées à l'économe industrielle restent polarisées par des indicateurs macro-économiques ou d'intégration intersectorielle. Elles rendent peu compte des coûts cachés ou externalités sociales et environnementales. Dans différents contextes on observe un renouvellement des cadres méthodologiques d'analyse des filières pour compléter les indicateurs de performance économique par des indicateurs environnementaux et sociaux. L'objectif est alors de mieux caractériser les structures, susceptibles de rendre compatible l'activité économique, la justice sociale, et la diminution de l'empreinte atrophique de l'activité humaine. En compilant différentes études de cas de filières agricoles et alimentaires, nous documentons la nature des indicateurs environnementaux et sociaux référencés, les outils d'analyse utilisés et les limites de leurs usages au regard notamment des spécificités que révèlent les filières biosourcées.