La nutrition du riz pluvial à Madagascar est fortement contrainte par des carences multiples en nutriments majeurs, comme l'azote et le phosphore. Sur l'île, la capacité des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) à coloniser les racines du riz pluvial a été peu étudiée pour optimiser la nutrition du riz. L'inoculation de souches mycorhiziennes, qui apparaît comme une pratique potentielle pour rapidement induire des associations bénéfiques a été testée en situation de culture, avec des facteurs susceptibles de moduler cette capacité de symbiose, tels que la fertilisation minérale et la diversité génétique du riz. Une expérimentation au champ a été menée au Moyen-Ouest du Vakinankaratra pour étudier la capacité de trois variétés de riz de s'associer à une souche commerciale de Rhizophagus irregularis inoculée, avec ou sans engrais minéral phosphaté. Des analyses de métabarcoding (Illumina) ciblant les Glomeromycota sur racines de riz ont été réalisées au stade de la floraison de manière à compléter des mesures sur la croissance et la colonisation racinaire précoce de la culture. Des effets bénéfiques ont été observés sur la performance du riz. Dans les racines, le genre le plus abondant (en nombre d'OTU et de séquences) est celui des Rhizophagus. Néanmoins, l'OTU de la souche inoculée n'a pas été retrouvée signifiant que la souche inoculée ne s'est pas durablement installée. Une des hypothèses pourrait-être la faible compétitivité de la souche apportée par rapport aux souches locales. La composition des communautés mycorhiziennes présentes dans les racines ne change pas significativement entre les variétés, ni avec inoculation. Par contre, la fertilisation a réduit significativement la diversité des champignons mycorhiziens dans la racine. La biofertilisation en CMA, avec ces premiers résultats, ne semble pas présenter une menace sur la biodiversité locale de l'île et offre une piste prometteuse dans le cadre d'une approche d'ingénierie écologique.