Cet article questionne le rôle de la production des savoirs sur l'état écologique des milieux dans la gestion et la mise en oeuvre de politiques de surveillance et de protection des ressources en eau utilisées pour la production d'eau potable en Afrique subsaharienne. Sur la base d'une recherche interdisciplinaire réalisée en Côte d'Ivoire et au Sénégal par une équipe comprenant des sociologues et des écologues, l'article montre comment des savoirs experts d'évaluation de la qualité des milieux interagissent avec les jeux d'acteurs, les structures de gestion existantes et les représentations locales de ces mêmes milieux. Nous interrogeons à travers cette approche interdisciplinaire les difficultés d'articulation de la diversité de points de vue sur les ressources en eau, ainsi que les freins, les incertitudes et controverses autour de la production de savoirs et de leur intégration dans des dispositifs de gestion. Nous analysons plus particulièrement les principaux défis pour la mise en place des suivis de l'état écologique des milieux aquatiques, ainsi que les possibles contributions des savoirs experts et locaux à la co-construction d'un diagnostic partagé.