Les communautés microbiennes (microbiote) des plantes sont de plus en plus prises en compte en santé des plantes car elles jouent un rôle actif dans la régulation des agents phytopathogènes. Toutefois, les processus d'assemblage du microbiote des plantes et des forces évolutives qui gouvernent ces processus restent loin d'être compris et maitrisés. Nous avons choisi d'aborder cette problématique en focalisant sur le modèle riz et en répondant aux objectifs suivants : (i) déterminer si la structure des communautés microbiennes associées au riz est influencée par le compartiment, le stade végétatif et le génotype de celui-ci et (ii) estimer si la structure des communautés bactériennes et fongiques est significativement modifiée par la présence/absence de phytovirus. Pour répondre à ces objectifs, nous avons caractérisé trois composantes majeures du microbiote des plantes, à savoir les virus, les bactéries et les champignons des racines et des tiges du riz dans deux agrosystèmes situés en Camargue (France) et dans les terrasses traditionnelles du Yuanyang (Chine). La caractérisation du virome du riz a mis en évidence la présence d'une épidémie virale dans l'agrosystème chinois, pourtant présenté comme étant peu soumis aux bioagresseurs des plantes. Le phytovirus détecté dans 8,9% des plants échantillonnés est le Southern rice blackstreaked dwarf virus (SRBSDV). La même analyse réalisée en France révèle une prévalence importante (11.6%) d'un endornavirus persistant du riz (oryza sativa alphaendornavirus, OsEV) qui a été retrouvé au sein de plantes asymptomatiques. Nous montrons par ailleurs que l'infection du riz à ces deux virus est génotype-dépendant. La synthèse des résultats de caractérisation des communautés bactériennes et fongiques obtenus sur les deux sites d'étude met en lumière une dynamique dans le temps et dans l'espace de la structure des communautés microbiennes. Spécifiquement, nous montrons que (i) le type de tissu de la plante, aérien ou souterrain, int