Face à la multiplication des publications scientifiques, les archives scientifiques ouvertes jouent un rôle central pour aider les utilisateurs à effectuer des recherches bibliographiques. Cependant, les services de recherche classiques basés sur des mots-clés ne parviennent pas toujours à apporter des réponses satisfaisantes à certaines recherches complexes. Dans cet article, nous présentons les méthodes, outils et services mis en oeuvre dans le cadre du projet ISSA pour répondre à cette problématique. Le projet vise à (1) fournir un pipeline générique, réutilisable et extensible pour l'analyse des documents d'une archive scientifique ouverte, (2) traduire le résultat en un index sémantique représenté sous la forme d'un graphe de connaissances RDF ; (3) développer des services de recherche et de visualisation qui exploitent cet index sémantique. Le projet ISSA s'inscrit dans la dynamique de la science ouverte et s'appuie sur un cas d'usage, Agritrop, l'archive ouverte du Cirad.