Ehrlichia ruminantium est une alpha-protéobactérie à Gram-négatif de la famille des Anaplasmataceae, responsable d'une maladie tropicale mortelle chez les ruminants domestiques et sauvages, la cowdriose. E. ruminantium est une bactérie intracellulaire obligatoire, transmise par les tiques du genre Amblyomma. En raison de son fort impact sur l'élevage en zone tropicale, il est crucial de proposer des méthodes de lutte efficaces contre cette maladie. La question centrale de cette thèse était de mieux comprendre et appréhender la pathogenèse d'Ehrlichia ruminantium, notamment en identifiant et caractérisant les déterminants moléculaires qui permettent à la bactérie de contrôler la cellule hôte et de s'y répliquer. Un premier volet de cette étude nous a permis d'identifier Erip1 comme un effecteur de type IV essentiel pour l'infection par E. ruminantium en inactivant l'expression du gène par un peptide nucleic acid (PNA) ciblant erip1. Nous avons ainsi montré qu'une répression ciblée d'un gène est maintenant possible chez E. ruminantium. Par des approches d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq) nous avons montré qu'Erip1 ciblerait plusieurs régions du génome bovin. Cette protéine se fixe notamment sur six promoteurs dont celui de MRP14 et de deux ARN non codants (ARNsno et ARNlnc). Le second volet de cette thèse s'est attaché à étudier cinq effecteurs de type IV prédits et conservés chez les Anaplasmataceae. L'étude de la sécrétion type IV-dépendante par un système rapporteur hétérologue chez Legionella pneumophila n'a pas permis de confirmer que ces protéines sont sécrétées par le système de sécrétion de type IV. Cette partie du projet devra donc être poursuivie dans un système plus proche de notre modèle d'étude. Le dernier volet de ces travaux de recherche a montré que l'autophagie est un mécanisme physiologique essentiel pour le développement de la bactérie dans sa cellule hôte. En effet, l'utilisation de la Spautin- 1, inhibiteur de la Beclin-1, dans une