Les nouvelles techniques d'amélioration des plantes sont au centre d'une nouvelle gouvernance de l'innovation variétale qui renouvelle les débats sur les promesses technologiques apportées par les variétés OGM. Assimilables à ces dernières, elles suscitent des controverses en termes de risques écologiques, agronomiques et socio-économiques. A partir d'un cas expérimental d'usage des techniques d'édition du génome pour développer des variétés de riz à Madagascar, nous avons étudié comment les interactions entre les différentes parties prenantes sociétales renouvellent la gouvernance de l'innovation variétale issue des biotechnologies. Les résultats conduisent à proposer de reconfigurer l'expérimentation initiale par le renforcement des compétences à détecter les modifications génétiques dans les nouvelles variétés et à prendre en compte les risques sociétaux. Ils mettent en relief l'insuffisance des cadres institutionnels d'évaluation des risques de biosécurité dans le contexte des pays du sud. Ils renseignent comment solidifier ces cadres par l'implication située des parties prenantes. Ils suggèrent des approches plus coopératives pour définir les modèles et les objectifs des innovations variétales.