Les invasions biologiques augmentent de façon exponentielle et constituent une menace importante pour la biodiversité, les écosystèmes et l'agriculture. Les progrès du séquençage génomique offrent de nouvelles possibilités d'étudier les voies d'invasion, les mécanismes du succès de l'invasion et les dynamiques du processus de colonisation, afin de mieux gérer les risques d'introduction d'espèces exotiques envahissantes. Le complexe Bactrocera dorsalis (au moins 87 espèces) comporte 6 ravageurs `invasifs' majeurs, notamment la mouche ori- entale des fruits, B. dorsalis sensu stricto. La délimitation de certaines espèces au sein de ce complexe est parfois mal établie et il a été démontré que certains taxons sympatriques s'hybrident entre eux. Dans ce cas, le potentiel de la génomique des invasions est limite par les confusions taxonomiques possibles entre les espèces attirées par le même leurre chim- ique utilise pour le piégeage. Il est donc nécessaire de mieux comprendre la limite des espèces d'intérêt et d'identifier des marqueurs de diagnostic spécifiques. Dans cette étude, nous avons tout d'abord proposé un protocole impliquant à la fois la morphologie et des données moléculaires standardisées afin d'assigner nos spécimens à une des espèces du com- plexe. Nous avons ensuite optimisé un protocole de séquençage de l'ADN nucléaire associée à un site de restriction (RAD-Seq) pour générer des ensembles de données SNP précis et de grande taille. Ce protocole a été appliqué à 70 génomes (nucléaires et mitochondriaux) appartenant à 11 espèces attirées par le methyl-eugénol, dont B. dorsalis s.s. En combinant des méthodologies avec ou sans partitionnement a priori (analyses de clustering et arbres phylogénétiques), nous avons délimité des groupes génétiques, diagnostiqué des spécimens et reconstruit les relations entre espèces. Ces nouvelles connaissances rendront les futures études de génomique des populations plus fiables et la surveillance des espèces envahissantes du