La bioéconomie questionne les méthodes d'évaluation des performances des filières. Les méthodes traditionnelles très liées à l'économie industrielle restent polarisées par des indicateurs macro-économiques ou d'intégration intersectorielle. Elles rendent peu compte des coûts cachés ou externalités sociales et environnementales. Dans différents contextes, on observe un renouvellement des cadres méthodologiques d'analyse des filières pour compléter les indicateurs de performance économique par des indicateurs environnementaux et sociaux. Leur objectif est alors de mieux caractériser les structures susceptibles de rendre compatibles l'activité économique, la justice sociale, et la diminution de l'empreinte de l'activité humaine. En compilant une synthèse bibliométrique et différentes études de cas de filières agricoles, alimentaires, bioéconomiques, nous documentons la nature des indicateurs environnementaux et sociaux référencés, les outils d'analyse utilisés et les limites de leurs usages dans le contexte des pays en développement.