La canne à sucre (Saccharum spp.) est une culture majeure pour la production de sucre (80% de la production mondiale) et plus récemment pour la production de biocarburant ou de bioénergie. Les cultivars de canne à sucre sont hautement polyploïdes (2n = 100 à 130 chromosomes), aneuploïdes et dérivent essentiellement de croisements interspécifiques entre l'espèce domestiquée sucrée S. officinarum et l'espèce sauvage S. spontaneum. Dans le cadre de cette thèse, une première étude a concerné la caractérisation de l'origine de séries d'haplotypes homéologues (segments d'environ 100 kilobases) correspondant à deux régions du génome de R570. L'analyse de ces haplotypes a été réalisée sur la base de la comparaison de leurs SNP avec un échantillon représentatif de la diversité Saccharum. Les résultats suggèrent la présence de trois sous-génomes (A, B et C) au sein du cultivar R570 au lieu des deux attendus, avec les groupes d'haplotypes A et B qui auraient été contribués par S. officinarum et les haplotypes du groupe C par S. spontaneum. Une seconde étude a consisté en une analyse à une échelle plus globale de la diversité du genre Saccharum et de sa contribution aux génomes des cultivars modernes, en particulier le cultivar R570. Cette étude est basée sur un assemblage en cours de réalisation du génome polyploïde du cultivar R570 et de données de séquence Illumina du génome d'un panel d'accessions représentatives du genre Saccharum. Des groupes de k-mers répétés (potentiellement des segments d'éléments transposables), partagés entre certaines accessions de l'échantillon, ont été recherchés. La distribution de ces k-mers répétés a permis de différencier les espèces sauvages S. spontaneum et S. robustum, les espèces horticoles S. barberi et S. sinense et a mis en évidence des sous-groupes au sein de ces espèces ainsi que quelques accessions S. officinarum introgressées par un génome inconnu. La distribution des k-mers représentatifs des espèces et sous-groupes sur l'assemblag