La sélection participative et décentralisée est une approche permettant de développer des variétés adaptées à des environnements spécifiques et de répondre aux préférences des agriculteurs. Cependant, les programmes de sélection variétale antérieure n'intègrent pas les systèmes de culture locaux assez précocement dans les schémas de sélection. Pourtant, l'expression de la performance agronomiques des variétés dépend largement des systèmes de culture au sein desquelles ces variétés seront utilisées par les paysans. Notre étude a pour objectif d'évaluer 22 variétés multilignées candidates de niébé en cours de création dans un système de culture en association mil-niébé (système de culture dominant du niébé au Niger) en comparaison à la culture pure. Le dispositif expérimental a été implémenté pendant 3 ans dans 6 villages (au centre-sud et à l'Ouest du Niger) en collaboration avec la fédération des agriculteurs de chaque zone. Le résultat de l'analyse de variance des données agronomiques (rendement en graines et en fanes) a révélé que l'interaction variété x système de culture est significative indiquant que les meilleures variétés en culture pure ne sont pas nécessairement les meilleures en association et vice versa. L'analyse des données génétiques a aussi montré qu'il y a une forte différenciation génétique (FST > 0.25) entre les deux systèmes de culture après 2 années de culture. Ces résultats montrent que le système de culture est une pression de sélection efficace à prendre en compte dans le processus de sélection participative et décentralisée pour des variétés plus adaptées au système de culture paysan.