El documento presenta una investigación donde se identifican factores del contexto, configuraciones, alcances e innovaciones, resultados y lecciones aprendidas, así como condiciones habilitantes y limitantes, en experiencias territoriales y comunitarias de sistemas de conocimiento e innovación agropecuarias (AKIS) en Colombia, con el propósito de poner en perspectiva la innovación para promover la agroecología y la bioeconomía (AEBE) en casos concretos. Se realizó un inventario de 107 experiencias como casos potenciales de estudio en un universo de investigación, delimitado en una muestra de estudio mediante la selección de 37 casos, se identificaron patrones y vacíos en los casos, y se realizó un análisis de entrecruzamiento de tipos de configuraciones y fines de los sistemas. Se aportan elementos analíticos y metodológicos para el estudio de AKIS, así como propuestas para promover la agroecología y la bioeconomía.