Avec l'Anthropocène, nos sociétés humaines ont engendré une pression et des perturbations drastiques et démesurées sur notre environnement. Les conséquences de ces bouleversements menacent la santé animale, végétale et humaine et causent la recrudescence d'émergences de zoonoses. Ainsi, les systèmes de surveillance voient la nécessité d'acquérir des connaissances sur les mécanismes écologiques associés à l'émergence, plus particulièrement à l'interface de la faune sauvage – et des humains. Cependant, les connaissances sur l'écologie des interfaces surtout dans des pays comme la République du Congo sont encore lacunaires. L'objectif principal de cette thèse est d'améliorer les connaissances sur l'écologie et la dynamique des communautés de chauves-souris cavernicoles tout en contribuant à l'amélioration du savoir sur l'écologie des interfaces. Cette thèse débute par une étude sur la caractérisation des communautés de chauves-souris cavernicoles dans deux grottes en République du Congo. Cette étude montre la présence de six espèces putatives à l'aide de données morphométriques et acoustiques récoltées lors de sessions de captures s'échelonnant sur près de deux ans. La deuxième étude présente une méthode semi-automatique d'un classificateur de sonotypes couplé à une classification a posteriori. Notre étude a testé cette méthode sur les 2,375,956 fichiers acoustiques à l'aide d'enregistreurs d'ultrasons disposés à l'entrée des deux grottes. Les résultats permettent d'identifier cinq groupes acoustiques en prenant en compte la superposition acoustique de certaines espèces. La troisième étude s'appuie sur la méthodologie présentée précédemment pour décrire les modèles d'activité nocturnes et la phénologie annuelle des communautés acoustiques de chauves-souris dans les deux grottes. Cette étude identifie une activité tri-modale avec une forte activité du mois d'octobre au mois de mars. Ces variations dans le comportement sont reliées aux périodes d'élevage des jeunes (mise