Le changement climatique menace la pérennité des plantations de vanille Bourbon (Vanilla planifolia) dans le monde, en particulier à Madagascar et à La Réunion. Les populations de vanilliers sauvages aphylles de Madagascar, qui se développent dans des conditions arides, pourraient représenter une ressource génétique précieuse pour renforcer la tolérance à la sécheresse et à la chaleur des vanilliers cultivés. Dans cette étude, des technologies de séquençage nouvelle génération (NGS) sont utilisées pour identifier des marqueurs génomiques de l'adaptation à la sécheresse et à la chaleur chez les vanilliers. Tout d'abord, les signatures génomiques de l'adaptation climatique sont recherchées dans des populations naturelles de ces espèces sauvages aphylles de Madagascar, présentes dans des environnements contrastés, par des approches de scans génomiques et d'associations génotype- environnement (GEA). Deux espèces à large distribution ont été échantillonnées à Madagascar pour cette étude : V. bosseri et V. perrieri, suite à une analyse préliminaire révélant l'existence d'IBE (isolation-by-environnement), à savoir l'influence des facteurs bioclimatiques sur la structuration génétique de ces espèces. Le génome d'une espèce aphylle (V. bosseri, CR0821) est aussi séquencé et assemblé par des approches PacBio HiFi et carte optique. L'endoréplication partielle (PE) du génome caractéristique des vanilliers pouvant influencer la qualité du séquençage et de l'assemblage, l'ADN est extrait à partir de boutons floraux car ils présentent une forte proportion de noyaux non- endorépliqués contrairement aux noeuds et tiges. L'annotation des gènes de ce génome permettra d'identifier les gènes candidats correspondants aux marqueurs SNP identifiés. Enfin, des études de génomique comparative avec le génome publié de V. planifolia permettront d'identifier les gènes correspondants chez l'espèce cultivée. Ces résultats seront essentiels à plus long terme pour identifier des variétés de vanill