Ce mémoire d'Habilitation à Diriger des Recherches (HDR) retrace mon parcours scientifique, mes principales contributions en microbiologie et génomique bactérienne, ainsi que mes perspectives de recherche. Mon travail s'inscrit dans le cadre de l'étude des interactions moléculaires entre bactéries pathogènes et leurs hôtes eucaryotes, à travers une approche intégrée combinant génomique et microbiologie moléculaire. Plus précisément, mes recherches se concentrent sur les stratégies d'adaptation et les déterminants de virulence des bactéries intracellulaires et phytopathogènes, notamment Ehrlichia ruminantium et Xanthomonas spp. À travers ce document, je mets en lumière l'évolution de cette thématique, en commençant par l'étude des systèmes de sécrétion de type III (SST3) et le rôle des récepteurs TonB-dépendants dans l'adaptation des bactéries phytopathogènes aux environnements végétaux. Ces recherches se sont ensuite élargies à l'exploration de la diversité génétique et l'étude de mécanismes intracellulaires sophistiqués, comme le système de sécrétion de type IV (SST4) utilisé par Ehrlichia ruminantium pour interagie avec les cellules eucaryotes. J'y détaille également mes contributions méthodologiques, notamment le développement d'outils bioinformatiques visant à identifier de nouveaux effecteurs bactériens et à analyser la plasticité génomique, afin de mieux comprendre leur rôle dans la pathogénèse bactérienne. Ces travaux ont abouti à la publication de plus de 40 articles dans des journaux internationaux de rang A, à la création de trois logiciels et au dépôt d'un brevet international portant sur un mécanisme d'atténuation de virulence, permettant la création de souche vaccinale atténuée d'Ehrlichia. Mes projets de recherche futurs combinent approches expérimentales et modélisation avancée pour proposer des solutions innovantes face aux infections bactériennes. Ils visent à renforcer la résilience des écosystèmes locaux tout en améliorant les connaissances fondam