La agricultura mundial se centra cada vez más en el desarrollo de sistemas de producción con mejor desempeño agroecológico. Los sistemas mixtos agricultura- ganadería (SMAG) son próximos a los principios agroecológicos, pero es necesario evaluar su desempeño y el impacto de la inclusión de opciones tecnológicas. Para evaluar el desempeño agroecológico de los SMAG, se ha utilizado la metodología de Ecological Network Analysis (ENA). En Camagüey, Cuba, se evaluó el impacto del componente arbóreo en un SMAG y el impacto de las prácticas de gestión de residuales (PGR) en tres SMAG. A partir de encuestas semiestructuradas a los agricultores, se identificaron los componentes y flujos principales, se cuantificaron los flujos de nitrógeno y se construyó una matriz de flujos. Con esta base, se calcularon indicadores de estructura (E), integración (I) y desempeño agroecológico (DA). Los resultados mostraron que la presencia de componente arbóreo incrementó la actividad total e interna del sistema, redujo la relación AMI/Hr y la dependencia del sistema, y aumentó el índice de resiliencia (IR). Las PGR incrementaron la actividad total e interna del sistema. Sin embargo, los indicadores de I y DA no se relacionaron directamente con la cantidad de residuales manejados. IR estuvo asociado principalmente a los indicadores de dependencia externa y pérdidas del sistema. Se concluye que la simple introducción de PGR no garantiza una mejora del DA. La ENA demostró ser una herramienta eficaz para revelar las relaciones complejas presentes y el impacto de la inclusión de nuevas prácticas en un SMAG.