Le dépérissement bactérien des Alliacées est causé par une bactérie appartenant au genre Xanthomonas. Cette maladie, présente dans l'archipel des Mascareignes, au Brésil, à Barbade, à Hawaii et à Cuba est récemment apparue en Afrique du Sud, aux Etats-Unis (Californie, Colorado et Texas), au Venezuela et au Japon, lui conférant le statut de maladie émergente. La mise en évidence récente de la présence potentielle du Xanthomonas dans les semences d'oignon pourrait expliquer le développement dans de nombreuses régions du globe du dépérissement bactérien des Alliacées (1). Aucune méthode curative n'est disponible pour lutter contre les maladies bactériennes des plantes. La lutte est donc fondée sur la prophylaxie, la lutte génétique (matériel végétal porteur de résistance complète ou partielle) et de façon très restreinte sur la lutte biologique. Plus généralement, la lutte contre les maladies des plantes est axée sur la connaissance: - des partenaires (population parasitaire, parasite, population hôte, hôte), - des interactions entre ces partenaires et des facteurs biotiques et abiotiques influençant ces interactions. La littérature scientifique concernant le pathosystème Xanthomonas-oignon étant très limitée, aucune stratégie de lutte efficace n'existe à ce jour. Une étude de la diversité génétique existant au sein d'une collection de 145 souches de Xanthomonas sp. pathogènes des Alliacées a été conduite en utilisant la technique moléculaire AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Cette technique, consistant en la digestion de l'ADN total par un couple d'enzymes (EcoRI / MspI) et l'amplification spécifique à l'aide d'un couple d'amorces dont l'une est rallongée de deux bases spécifiques (EcoRI / MspI-TG) a généré de nombreux fragments d'ADN polymorphes (35 haplotypes différents). La diversité haplotypique mondiale est importante (niveau minimum de similarité de l'ordre de 56%). Trois groupes de souches isolées dans l'Archipel des Mascareignes (2 groupes) et à