Deux cent vingt microsatellites nouvellement mis au point ont été produits à partir d'une banque génomique, enrichis en séquence répétée en tandem (SSR) et intégrés dans une carte de liaison moléculaire haute densité existante. Les marqueurs microsatellites (SSR) ont été couramment utilisés pour de nombreuses espèces de cultures du fait de leur abondance, de leur degré élevé de polymorphisme, de leur spécificité de locus, de leur reproductibilité, de la faible quantité d'ADN nécessaire et de leur hérédité codominante. Les microsatellites ont été cartographiés sur 135 individus issus de la même population de cartographie que celle utilisée pour établir la carte de référence. Cette descendance était issue d'un croisement entre deux clones de cacao hétérozygotes: un Upper amazon Forastero (UPA 402) et un Trinitario (UF 676). Les nouveaux marqueurs microsatellites ont été attribués aux dix groupes de liaison différents qui correspondent aux dix chromosomes gamétiques du cacao. La cartographie des nouveaux marqueurs ainsi que des microsatellites précédemment décrits a permis une couverture génomique complète des 10 chromosomes, avec une distance moyenne de 1 SSR pour 3 cM. Seuls les marqueurs codominants ont été conservés pour l'établissement de la nouvelle carte de référence du cacao. Cette nouvelle carte comprend 176 RFLP, 270 marqueurs microsatellites et 5 isoenzymes. Elle constituera un outil utile pour l'identification et la comparaison entre plusieurs descendances des régions les plus importantes dans la variation des caractères d'intérêt agronomique et pour développer des stratégies de Sélection assistée par marqueurs.