Actuellement, la majorité des plantations de cacaoyers en Équateur utilisent des hybrides appartenant à des croisements entre la variété locale appelée " Nacional " et différents groupes de génotypes introduits par le passé, il y a environ un siècle. Une population de 308 cacaoyers, représentant des variétés " modernes " de Nacional, a été sélectionnée dans deux banques de germoplasme vivant d'Équateur (Pichilingue et Tenguel). En outre, 46 échantillons de cacao de différents groupes génétiques cultivés dans la serre du CIRAD ont été inclus dans cette analyse. L'objectif est de connaître la structure génétique de la population du type Nacional et de déterminer sa relation avec les autres groupes génétiques. Quarante marqueurs microsatellites (SSR) exécutant une amplification sur les dix chromosomes de cacao ont été utilisés pour analyser les polymorphismes des fragments d'ADN. Une analyse factorielle des correspondances montre la répartition de chacun des échantillons de cacao et fait apparaître une large gamme de variabilité qui pourrait traduire des introgressions et des hybridations des variétés natives de Nacional avec principalement le type Trinitario. Un degré élevé d'hétérozygotie a été trouvé dans la plupart des clones ; néanmoins une faible hétérozygotie a aussi été observée chez certains arbres qui pourraient représenter les ancêtres potentiels de la population de variétés Nacional actuellement cultivées. Ce groupe d'arbres fortement homozygotes est également très proche de certains arbres sauvages (LCT-EEN) prospectés par J.B. Allen dans la partie amazonienne de l'Équateur.