Le cacaoyer (Theobroma cacao L.) est une culture pérenne pour laquelle la sélection des caractères intéressants exige plusieurs décennies de travail de sélection traditionnelle. Dans ce végétal, les marqueurs moléculaires pourraient accélérer l'amélioration des caractères intéressants par une sélection assistée par marqueurs. Dans ce but, une détection de QTL a été effectuée sur 3 descendances hybrides dérivées des croisements suivants : (P7 x ICS100) x C1, (P7 x ICS95) x C1 et (SCA6 x H) x C1, mis en place en 1997 et 1996, respectivement, à la station de recherche du CNRA à Bingerville-Côte d'Ivoire. P7 et SCA6 sont des clones résistants de Forastero Upper Amazon tandis que C1, le parent mâle commun, est un clone sensible Forastero Lower Amazon, de type Amelonado. ICS100 et ICS95 sont deux clones Trinitario modérément sensibles ; H est un Trinitario. Les descendances comprenaient respectivement 173, 183 et 179 individus. Les plants ont été suivis individuellement pendant trois périodes de récolte (2003 à 2006) par rapport au rendement, à la pourriture brune des cabosses de Phytophthora (PPR) dans des conditions naturelles d'infection et au poids des cabosses. De plus, pour les deux premières descendances, les caractéristiques suivantes ont été mesurées : fèves fraîches et sèches, poids de la cabosse vide, épaisseur de la paroi de la cabosse, nombre de fèves par cabosse, poids des fèves normales par cabosse, poids de 100 fèves sèches, caractéristiques liées à la vigueur du plant -circonférence du tronc, hauteur de la jorquette, taille de la canopée, nombre de branches) et résistance à Phytophthora évaluée par essai sur disques de feuilles. On a également procédé à un génotypage des plants avec 3 ensembles différents de marqueurs SSR. Des QTL liés à la résistance à Phytophthora, au rendement, aux caractéristiques de la cabosse et des fèves, au nombre de fèves et à d'autres caractères ont été détectés. Certains d'entre eux étaient communs aux trois descendances ; cert