L'histoire économique de l'Équateur a été fortement liée à la culture de Theobroma cacao L., particulièrement celle de la variété Nacional. Du fait dim important brassage génétique avec des cacaoyers étrangers, on considère que les cacaoyers Nacional indigènes sont actuellement en danger d'extinction. Dans des travaux précédents, il avait été observé quelques types "Nacional" non introgressés qui pourraient être les fondateurs de la population des cacaoyers modernes équatoriens mais, jusqu'à présent, leur origine n'avait pas pu être formellement identifiée. Dans cette contribution, nous avons utilisé 80 marqueurs microsatellites pour analyser les relations entre ces fondateurs potentiels de type Nacional et 13 groupes de cacaoyers représentant un vaste ensemble de génotypes sauvages et cultivés d'Amérique centrale et du Sud Un niveau de similarité génétique élevé a été observé entre le pol génétique Nacional et certains génotypes sauvages de la région sud-amazonienne de l'Équateur; ce résultat a été confirmé par la proportion d'allèles partagés et une analyse de parenté. Les génotypes sauvages qui faisaient apparaître la relation de parenté la plus forte avec le pool Nacional ont été identifiés sur les berges des rivières Zamora, Yacuambi et Nagaritza dans la province de Zamora Chinchipe; et, sur la base de ce résultat, une nouvelle prospection de cacao a été effectuée dans cette zone: Un échantilonnage a été effectué sur 82 arbres sauvages ou primitifs et les premières analyses génétiques et biochimiques ont confirmé les étroites relations avec le pool Nacional de la côte. Deux collections de cacaoyers en champ ont été créées avec le matériel collecté dans les installations de l'INIAP. Elles représentent pour nous une importante ressource génétique pour l'amélioration de la variété Nacional. Nous sommes remontés pour la première fois an centre d'origine possible et aux événements de migration de la variété Nacional, depuis la zone amazonienne jusqu'à son arrivée da