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Yam virus X (YVX) et Yam necrosis virus (YNV), deux nouveaux virus des genres Potexvirus et Sadwavirus infectant les ignames en Guadeloupe

Acina Manbole I.N., Bonheur L., Anzala F., Gomez R.M., Lange D., Faure C., Filloux D., Roumagnac P., Marais A., Candresse T., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2012. In : Attard Agnès (ed.), Barny Marie-Anne (ed.), Brisset Marie-Noelle (ed.), Cilas Christian (ed.), Dellagi Alia (ed.), Desprez-Loustau Marie-Laure (ed.), Expert Dominique (ed.), Fabre Frédéric (ed.), Fagard Mathilde (ed.), Fudal Isabelle (ed.), Genin Stéphane. 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés. Paris : SFP, p. 73-73. Congrès de la Société française de phytopathologie. 8, 2012-06-05/2012-06-08, Paris (France).

Les ignames cultivées hébergent de nombreuses espèces virales, qui limitent la diffusion de matériel végétal issu des collections de ressources génétiques. L'assainissement de ces collections nécessite la mise au point et la mise en oeuvre d'outils de diagnostic appropriés. C'est dans cette optique que plusieurs espèces virales infectant les ignames (Dioscorea spp.) ont été caractérisées. Il est cependant probable que la diversité des espèces virales infectant ces plantes reste sous évaluée. Afin de tester cette hypothèse, nous avons conduit des analyses in silico qui ont montré l'existence dans les banques EST d'ignames de séquences correspondant fia des espèces virales connues des familles Caulimoviridae (Badnavirus) et Potyviridae (Macluravirus) mais également à des espèces virales des familles Geminiviridae (Begomovirus), et Secoviridae (Sadwavirus et non assigné), à ce jour non décrites chez les ignames. Sur la base de ces résultats, nous avons entrepris la recherche et la caractérisation de nouvelles espèces virales infectant les ignames. Après une étape de piégeage direct de particules virales, des produits d'amplification ont été obtenus par reverse transcription PCR réalisée fia l'aide d'amorces dégénérées spécifiques du genre Potexvirus sur des broyats de Dioscorea alata et D. trifida symptomatiques. Le clonage et le séquençage de ces produits a permis de mettre en évidence la présence de séquences correspondant fia deux nouveaux virus des genres Potexvirus et Sadwavirus, pour lesquels les noms Yam virus X (YVX) et Yam necrosis virus (YNV) sont respectivement proposés. La partie 3' du génome de chacun de ces agents a été amplifiée par 3' RACE, clonée et séquencée. L'analyse des séquences obtenues a permis d'établir l'organisation génétique de ces deux virus, et de confirmer qu'ils représentent deux espèces virales nouvelles. Des outils de diagnostic moléculaire par direct binding reverse transcription PCR (DB-RT-PCR) ont été mis au point et utilisés pour conduire une étude de prévalence du YVX et du YNV en Guadeloupe. Des expériences de transmission mécanique conduites sur une gamme d'hôtes herbacés ont permis une transmission expérimentale de ces deux virus fia Nicotiana benthamiana.

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