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Unité d'affectation : UMR PHIM (Bios)
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207 publications

Virome release of an invasive exotic plant species in southern France

Moubset O., Filloux D., Fontes H., Julian C., Fernandez E., Galzi S., Blondin L., Ben Chehida S., Lett J.M., Mesleard F., Kraberger S., Custer J.M., Salywon A.M., Makings E., Marais A., Chiroleu F., Lefeuvre P., Martin D.P., Candresse T., Varsani A., Ravigné V., Roumagnac P.. 2024. Virus Evolution, 10 (1) : 16 p..

DOI: 10.5281/zenodo.10159099

DOI: 10.1093/ve/veae025

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Long-term anthropogenic management and associated loss of plant diversity deeply impact virome richness and composition of Poaceae communities

Maclot F., Debue V., Malmstrom C.M., Filloux D., Roumagnac P., Eck M., Tamisier L., Blouin A.G., Candresse T., Massart S.. 2023. Microbiology Spectrum, 11 (2) : 17 p..

DOI: 10.1128/spectrum.04850-22

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Metagenomics reveals the structure of Mastrevirus-host interaction network within an agro-ecosystem

Claverie S., Hoareau M.M., Ben Chehida S., Filloux D., Varsani A., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2023. Virus Evolution, 9 (2) : 15 p..

DOI: 10.1093/ve/vead043

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular diversity of yam virus Y and identification of banana mild mosaic virus isolates infecting yam (Dioscorea spp.)

Diouf M.B., Guyader S., Nopoly M.M., Gaspard O., Filloux D., Candresse T., Marais A., Teycheney P.Y., Umber M.. 2023. Archives of Virology, 168 : 8 p..

DOI: 10.57745/GNUXVA

DOI: 10.1007/s00705-023-05809-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Sugarcane mild mosaic virus: The rediscovery of an identified but unrecognized virus

Mollov D.S., Filloux D., Grinstead S., Bolus S., Claude L., Fernandez E., Julian C., Candresse T., Lockhart B.E.L., Roumagnac P., Rott P., Daugrois J.H.. 2023. Plant Pathology, 72 (2) : p. 312-321.

DOI: 10.1111/ppa.13654

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The genome of a bunyavirus cannot be defined at the level of the viral particle but only at the scale of the viral population

Yvon M., German T.L., Ullman D.E., Dasgupta R., Parker M.H., Ben-Mahmoud S., Verdin E., Gognalons P., Ancelin A., Laï Kee Him J., Girard J., Vernerey M.S., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P., Bron P., Michalakis Y., Blanc S.. 2023. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120 (48) : 10 p..

DOI: 10.1073/pnas.2309412120

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

African army ants at the forefront of virome surveillance in a remote tropical forest

Fritz M., Reggiardo B., Filloux D., Claude L., Fernandez E., Mahe F., Kraberger S., Custer J.M., Becquart P., Mebaley T.N., Kombila L.B., Lenguiya L.H., Boundenga L., Mombo I.M., Maganga G.D., Niama F.R., Koumba J.S., Ogliastro M., Yvon M., Martin D.P., Blanc S., Varsani A., Leroy E.M., Roumagnac P.. 2023. Peer Community Journal, 3 : 21 p..

DOI: 10.5281/zenodo.7708934

DOI: 10.24072/pcjournal.249

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

Once upon a time, the VANA story based on the review "virion-associated nucleic acid-based metagenomics : a decade of advances in molecular characterization of plant viruses"

Moubset O., François S., Maclot F., Palanga E., Julian C., Claude L., Fernandez E., Rott P., Daugrois J.H., Antoine-Lorquin A., Bernardo P., Blouin A.G., Temple C., Kraberger S., Fontenele R.S., Harkins G.W., Ma Y., Marais A., Candresse T., Ben Chehida S., Lefeuvre P., Lett J.M., Varsani A., Massart S., Ogliastro M., Martin D.P., Filloux D., Roumagnac P.. 2023. In : 19e Rencontres de virologie végétale (RVV2023). Résumés. Aussois : SFV, p. 91. Rencontres de virologie végétale (RVV2023). 19, 2023-01-15/2023-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Sugarcane mild mosaic virus recognized as a new ampelovirus species infecting sugarcane

Mollov D.S., Filloux D., Grinstead S., Bolus S., Claude L., Fernandez E., Julian C., Candresse T., Lockhart B.E.L., Roumagnac P., Rott P., Daugrois J.H.. 2023. In : 19e Rencontres de virologie végétale (RVV2023). Résumés. Aussois : SFV, p. 104. Rencontres de virologie végétale (RVV2023). 19, 2023-01-15/2023-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Complete genome sequence of a novel marafivirus infecting pearl millet in Burkina Faso

Palanga E., Tibiri E.B., Bangratz M., Filloux D., Julian C., Pinel-Galzi A., Koala M., Bouma Neya J., Brugidou C., Tiendrebeogo F., Roumagnac P., Hebrard E.. 2022. Archives of Virology, 167 : p. 145-148.

DOI: 10.1007/s00705-021-05262-0

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Host range and molecular variability of the sadwavirus dioscorea mosaic associated virus

Umber M., Filloux D., Bonheur L., Acina Manbole I.N., Gomez R.M., Faure C., Anzala F., Pavis C., Roumagnac P., Marais A., Theil S., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2022. Archives of Virology, 167 : p. 917-922.

DOI: 10.1007/s00705-022-05379-w

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island

Massé D., Filloux D., Candresse T., Massart S., Marals A., Verdin E., Cassam N., Fernandez E., Roumagnac P., Teycheney P.Y., Lefeuvre P., Lett J.M.. 2022. Archives of Virology, 167 : p. 2355-2357.

DOI: 10.1007/s00705-022-05512-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular characterization of Cordyline virus 1 isolates infecting yam (Dioscorea spp)

Diouf M.B., Gaspard O., Marais A., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Roumagnac P., Candresse T., Theil S., Contreras S., Teycheney P.Y., Umber M.. 2022. Archives of Virology, 167 : p. 2275-2280.

DOI: 10.1007/s00705-022-05535-2

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Virion-associated nucleic acid-based metagenomics: A decade of advances in molecular characterization of plant viruses

Moubset O., François S., Maclot F., Palanga E., Julian C., Claude L., Fernandez E., Rott P., Daugrois J.H., Antoine-Lorquin A., Bernardo P., Blouin A.G., Temple C., Kraberger S., Fontenele R.S., Harkins G.W., Ma Y., Marais A., Candresse T., Ben Chehida S., Lefeuvre P., Lett J.M., Varsani A., Massart S., Ogliastro M., Martin D.P., Filloux D., Roumagnac P.. 2022. Phytopathology, 112 (11) : p. 2253-2272.

DOI: 10.1094/PHYTO-03-22-0096-RVW

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Towards a microbiota-based understanding of sugarcane health

Sanguin H., Sood S., Tournier E., Julian C., Fernandez E., Mahe F., Filloux D., Daugrois J.H., Roumagnac P., Rott P.. 2022. Sugar Journal (June) : p. 28-29. ASSCT 2022 Annual Meeting, 2022-06-21/2022-06-23, Bonita Springs (Etats-Unis).

Résumé

Article (c-notoriété en attente de mise à jour)

Characterisation of the viral community associated with the Alfalfa Weevil (Hypera postica) and its host plant, Alfalfa (Medicago sativa)

François S., Antoine-Lorquin A., Kulikowski M., Frayssinet M., Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P., Froissart R., Ogliastro M.. 2021. Viruses, 13 (5) : 17 p..

DOI: 10.3390/v13050791

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Comparison of the virome of quarantined sugarcane varieties and the virome of grasses growing near the quarantine station

Daugrois J.H., Filloux D., Julian C., Claude L., Ferdinand R., Fernandez E., Fontes H., Rott P., Roumagnac P.. 2021. Viruses, 13 (5) : 17 p..

DOI: 10.3390/v13050922

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

De la paire de bottes à la paire de bases : de l'intérêt d'étudier l'écologie des viromes de plantes

Maclot F., Candresse T., Filloux D., Rott P., Malmstrom C.M., van der Vlugt R., Massart S., Roumagnac P.. 2021. Virologie, 25 (1) : p. 29-42.

DOI: 10.1684/vir.2021.0879

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Genetic diversity of Rice stripe necrosis virus and new insights into evolution of the genus Benyvirus

Bagayoko I., Celli M.G., Romay G., Poulicard N., Pinel-Galzi A., Julian C., Filloux D., Roumagnac P., Sérémé D., Bragard C., Hebrard E.. 2021. Viruses, 13 : 12 p..

DOI: 10.3390/v13050737

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Genome characterization and diversity of trifolium virus 1: identification of a novel legume-infecting capulavirus

Ma Y., Julian C., Galzi S., Fernandez E., Yvon M., Pirolles E., Lefebvre M., Filloux D., Roumagnac P., Candresse T.. 2021. Archives of Virology, 166 : p. 2573-2578.

DOI: 10.15454/1.5572369328961167E12

DOI: 10.1007/s00705-021-05135-6

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Identification, molecular and biological characterization of two novel secovirids in wild grass species in Belgium

Maclot F., Debue V., Blouin A.G., Fontdevilla Pareta N., Tamisier L., Filloux D., Massart S.. 2021. Virus Research, 298 : 6 p..

DOI: 10.1016/j.virusres.2021.198397

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

metaXplor: An interactive viral and microbial metagenomic data manager

Sempere G., Petel A., Abbé M., Lefeuvre P., Roumagnac P., Mahé F., Baurens G., Filloux D.. 2021. GigaScience, 10 (2) : p. 1-8.

DOI: 10.1093/gigascience/giab001

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Nanopore sequencing is a credible alternative to recover complete genomes of geminiviruses

Ben Chehida S., Filloux D., Fernandez E., Moubset O., Hoareau M., Julian C., Blondin L., Lett J.M., Roumagnac P., Lefeuvre P.. 2021. Microorganisms, 9 : 15 p..

DOI: 10.3390/microorganisms9050903

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

New world cactaceae plants harbor diverse geminiviruses

Fontenele R.S., Salywon A.M., Majure L.C., Cobb I.N., Bhaskara A., Schmidlin K., Khalifeh A., Smith K., Schreck J., Lund M., Köhler M., Wojciechowski M., Hodgson W.C., Van Doorslaer K., Kumari S.G., Oyeniran K.A., Vernière C., Filloux D., Roumagnac P., Lefeuvre P., Ribeiro S.G., Kraberger S., Martin D.P., Varsani A.. 2021. Viruses, 13 (4) : 27 p..

DOI: 10.3390/v13040694

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Novel ampeloviruses infecting cassava in Central Africa and the South-West Indian Ocean Islands

Kwibuka Y., Bisimwa E., Blouin A.G., Bragard C., Candresse T., Faure C., Filloux D., Lett J.M., Maclot F., Marais A., Ravelomanantsoa S., Shakir S., Vanderschuren H., Massart S.. 2021. Viruses, 13 (6) : 17 p..

DOI: 10.3390/v13061030

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

A novel divergent geminivirus identified in asymptomatic new world cactaceae plants

Fontenele R.S., Salywon A.M., Majure L.C., Cobb I.N., Bhaskara A., Avalos-Calleros J., Argüello-Astorga G., Schmidlin K., Khalifeh A., Smith K., Schreck J., Lund M., Köhler M., Wojciechowski M., Hodgson W.C., Puente-Martinez R., Van Doorslaer K., Kumari S.G., Vernière C., Filloux D., Roumagnac P., Lefeuvre P., Ribeiro S.G., Kraberger S., Martin D.P., Varsani A.. 2020. Viruses, 12 (4) : 26 p..

DOI: 10.3390/v12040398

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Diverse genomoviruses representing twenty-nine species identified associated with plants

Fontenele R.S., Roumagnac P., Richet C., Kraberger S., Stainton D., Aleamotu‘a M., Filloux D., Bernardo P., Harkins G.W., McCarthy J., Charles L.S., Lamas N.S., Abreu E.F.M., Abreu R.A., Batista G.B., Lacerda A.L.M., Salywon A.M., Wojciechowski M., Majure L.C., Martin D.P., Ribeiro S.G., Lefeuvre P., Varsani A.. 2020. Archives of Virology, 165 (12) : p. 2891-2901.

DOI: 10.1007/s00705-020-04801-5

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Heterogeneity of the rice microbial community of the Chinese centuries-old Honghe Hani rice terraces system

Alonso P., Blondin L., Gladieux P., Mahé F., Sanguin H., Ferdinand R., Filloux D., Desmarais E., Cerqueira F., Jin B., Huang H., He X., Morel J.B., Martin D.P., Roumagnac P., Vernière C.. 2020. Environmental Microbiology, 22 (8) : p. 3429-3445.

DOI: 10.1111/1462-2920.15114

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Illuminating an ecological blackbox: Using high throughput sequencing to characterize the plant virome across scales

Maclot F., Candresse T., Filloux D., Malmstrom C.M., Roumagnac P., van der Vlugt R., Massart S.. 2020. Frontiers in Microbiology, 11 : 16 p..

DOI: 10.3389/fmicb.2020.578064

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Improvements in virus detection at CIRAD's sugarcane quarantine using both viral metagenomics and PCR-Based approaches

Fernandez E., Ferdinand R., Filloux D., Guinet I., Julian C., Rott P., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2020. Sugar Tech, 22 : p. 498-503.

DOI: 10.1007/s12355-019-00790-1

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Large-scale survey reveals pervasiveness and potential function of endogenous geminiviral sequences in plants

Sharma V., Lefeuvre P., Roumagnac P., Filloux D., Teycheney P.Y., Martin D.P., Maumus F.. 2020. Virus Evolution, 6 (2) : 13 p..

DOI: 10.1093/ve/veaa071

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular detection of sugarcane striate virus and sugarcane white streak virus and their prevalence in the Miami World Collection of sugarcane and related grasses

Boukari W., Filloux D., Daugrois J.H., Fernandez E., Mollov D.S., Kaye C., Hincapie M., Sanchez A., Wang J., Roumagnac P., Rott P.. 2020. Plant Pathology, 69 (6) : p. 1060-1069.

DOI: 10.1111/ppa.13192

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular viral diagnosis and sanitation of yam genetic resources: Implications for safe yam germplasm exchange

Umber M., Filloux D., Gélabale S., Gomez R.M., Marais A., Gallet S., Gamiette F., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2020. Viruses, 12 (10) : 18 p..

DOI: 10.3390/v12101101

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Sorghum mastrevirus-associated alphasatellites: New geminialphasatellites associated with an African streak mastrevirus infecting wild Poaceae plants on Reunion Island

Claverie S., Varsani A., Hoareau M., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Lefeuvre P., Lett J.M.. 2020. Archives of Virology, 165 (8) : p. 1925-1928.

DOI: 10.1007/s00705-020-04685-5

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Yam asymptomatic virus 1, a novel virus infecting yams (Dioscorea spp.) with significant prevalence in a germplasm collection

Marais A., Umber M., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Pavis C., Julian C., Roumagnac P., Acina Manbole I.N., Bonheur L., Theil S., Contreras S., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2020. Archives of Virology, 165 : p. 2653-2657.

DOI: 10.1007/s00705-020-04787-0

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

A new prevalent densovirus discovered in Acari. Insight from metagenomics in viral communities associated with two-spotted mite (Tetranychus urticae) populations

François S., Mutuel D., Duncan A.B., Rodrigues L.R., Danzelle C., Lefevre S., Santos I., Frayssinet M., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P., Froissart R., Ogliastro M.. 2019. Viruses, 11 (3) : 24 p..

DOI: 10.3390/v11030233

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Diverse and variable virus communities in wild plant populations revealed by metagenomic tools

Susi H., Filloux D., Frilander M.J., Roumagnac P., Laine A.L.. 2019. PeerJ, 7 : 24 p..

DOI: 10.7717/peerj.6140

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Emergence of southern rice black-streaked dwarf virus in the centuries-old Chinese Yuanyang agrosystem of rice landraces

Alonso P., Gladieux P., Moubset O., Shih P.J., Mournet P., Frouin J., Blondin L., Ferdinand R., Fernandez E., Julian C., Filloux D., Adreit H., Fournier E., Ducasse A., Grosbois V., Morel J.B., Huang H., Jin B., He X., Martin D.P., Vernière C., Roumagnac P.. 2019. Viruses, 11 (11) : 13 p..

DOI: 10.3390/v11110985

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Exploring the diversity of Poaceae infecting mastreviruses on Reunion Island using a viral metagenomicsbased approach

Claverie S., Ouattara A., Hoareau M., Filloux D., Varsani A., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2019. Scientific Reports, 9 : 11 p..

DOI: 10.1038/s41598-019-49134-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

High-throughput sequencing of complete genomes of ipomoviruses associated with an epidemic of cassava brown streak disease in the Comoros Archipelago

Scussel S., Candresse T., Marais A., Claverie S., Hoareau M., Azali Hamza A., Verdin E., Tepfer M., Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P., Robene I., Lefeuvre P., Jourda C., Roux-Cuvelier M., Lett J.M.. 2019. Archives of Virology, 164 (8) : p. 2193-2196.

DOI: 10.1007/s00705-019-04228-7

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Novel circular DNA viruses associated with Apiaceae and Poaceae from South Africa and New Zealand

Richet C., Kraberger S., Filloux D., Bernardo P., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P., Varsani A.. 2019. Archives of Virology, 164 (1) : p. 237-242.

DOI: 10.1007/s00705-018-4031-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Another night at the museum: searching for traces of plant viruses using the virion-associated nucleic acid metagenomics approach. [P.21]

Julian C., Filloux D., Rieux A., Lefeuvre P., Lett J.M., Becker N., Gagnevin L., Trinder-Smith T.H., Hartnady P., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 80-80. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Assessment of the viral disease threats on sorghum and phenotyping support on diseases. [P.29]

Bangratz M., Tibiri E.B., Julian C., Filloux D., Pinel-Galzi A., Brugidou C., Roumagnac P., Tiendrebeogo F., Hebrard E.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 88-88. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Deciphering plant virus ecology and evolution using metagenomics-based approaches

Filloux D., Lefeuvre P., Lett J.M., Varsani A., Harkins G.W., Malmstrom C.M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. State College : s.n., 1 p.. International Congress on Virus Evolution. 10, 2019-03-07/2019-03-09, State College (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Description of the diversity and structure of mastrevirus communities at the scale of an agrosystem in La Réunion based on a metagenomic approach

Claverie S., Scussel S., Hoareau M.M., Hascoat J., Lebreton G., Grondin M., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 48-48. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Diversity and composition of arthropod pests' viral communities, and insights about pest viruses distribution in arthropod communities. [P.08]

François S., Kulikowski M., Frayssinet M., Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P., Froissart R., Ogliastro M.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 67-67. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Diversity and structure of Poaceae-infecting mastreviruses communities on Reunion Island using a viral metagenomics-based approach

Claverie S., Scussel S., Hoareau M., Hascoat J., Lebreton G., Grondin M., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 44-44. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Effect of species composition on virome diversity in various ecosystemic communities of Poaceae

Maclot F., Candresse T., Filloux D., Roumagnac P., Massart S.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 18-18. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Exploring within-host diversity of plant viruses in rice agrosystems using two high-throughput sequencing strategies

Poulicard N., Dereeper A., Pinel-Galzi A., Fernandez E., Julian C., Hubert J., Filloux D., Fargette D., Roumagnac P., Hebrard E.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 34-34. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Geographical distribution and diversity of Plantago Lanceolata latent virus, a member of the Capulavirus genus

Filloux D., Galzi S., Julian C., Ryckebusch F., Granier M., Peterschmitt M., Davoodi Z., Susi H., Laine A.L., Roumagnac P.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 71-71. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Global geographical distribution of capulaviruses. [P.42]

Galzi S., Filloux D., Richet C., Julian C., Ferdinand R., Davoodi Z., Bejerman N., Kumari S.G., Chatzivassiliou E.K., Fiallo-Olivé E., Navas-Castillo J., Susi H., Laine A.L., Varsani A., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 101-101. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Hidden diversity of endogenous geminiviral sequences across plant genomes and transcriptomes

Sharma V., Roumagnac P., Filloux D., Lefeuvre P., Teycheney P.Y., Martin D.P., Maumus F.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 58-58. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Improvements in virus detection at CIRAD's sugarcane quarantine using both viral metagenomics and PCR-based approaches

Fernandez E., Ferdinand R., Filloux D., Guinet I., Julian C., Rott P., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2019. In : Proceedings of the XXX International Society of Sugar Cane Technologists Congress. Tucuman : ISSCT, p. 345-351. ISSCT Congress. 30, 2019-09-02/2019-09-05, Tucuman (Argentine).

Résumé

Communication de congrès

Nanopore-based detection and characterization of plant viruses. [P.14]

Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 73-73. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Nanopore-based detection and characterization of yam viruses

Filloux D., Fernandez E., Loire E., Claude L., Galzi S., Candresse T., Winter S., Jeeva M.L., Makeshkumar T., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 53-53. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Night at the museum: Contribution of small RNA from historical herbarium specimens in the reconstruction of evolutionary histories of geminiviruses

Rieux A., Campos P., Scussel S., Duvermy A., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Becker N., Lett J.M.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 36-36. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Night at the museum: Contribution of small RNA from historical herbarium specimens in the reconstruction of evolutionary histories of geminiviruses

Lett J.M., Scussel S., Campos P., Filloux D., Roumagnac P., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P., Martin D.P., Lefeuvre P., Rieux A., Becker N.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 52-52. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

PCR-mediated sugarcane bacilliform virus detection for quarantine purpose. [P.39]

Daugrois J.H., Fernandez E., Filloux D.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 98-98. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Reverse transcriptase template switching: a method for without a priori amplification of full-length genome of positive-sense single-strand polyadenylated RNA plant viruses. [P.51]

Claude L., Fernandez E., Roumagnac P., Filloux D.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 110-110. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Characterization of alfalfa virus F, a new member of the genus Marafivirus

Nemchinov L.G., François S., Roumagnac P., Ogliastro M., Hammond R.W., Mollov D.S., Filloux D.. 2018. PloS One, 13 (9) : 11 p..

DOI: 10.1371/journal.pone.0203477

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report and genomic sequence of a new alfalfa marafivirus from France

Nemchinov L.G., François S., Roumagnac P., Mollov D.S., Filloux D.. 2018. Phytopathology, 108 (10S) : p. S1.188. International Congress of Plant Pathology (ICPP2018). 11, 2018-07-29/2018-08-03, Boston (Etats-Unis).

DOI: 10.1094/PHYTO-108-10-S1.1

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of alfalfa leaf curl Virus affecting alfalfa (Medicago sativa) in Jordan, Lebanon, Syria, and Tunisia

Kumari S.G., Moukahel A.R., Richet C., Galzi S., Filloux D., Roumagnac P., Asaad N., Hijazi J., Mghandef S.. 2018. Plant Disease, 102 (10) : 2 p..

DOI: 10.1094/PDIS-03-18-0404-PDN

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of alfalfa leaf curl Virus from alfalfa in Iran

Davoodi Z., Heydarnejad J., Massumi H., Richet C., Galzi S., Filloux D., Roumagnac P.. 2018. Plant Disease, 102 (11) : p. 2385.

DOI: 10.1094/PDIS-04-18-0571-PDN

Article (a-revue à facteur d'impact)

Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale

Bernardo P., Charles-Dominique T., Barakat M., Ortet P., Fernandez E., Filloux D., Hartnady P., Rebelo T.A., Cousins S., Mesleard F., Cohez D., Yaverkovski N., Varsani A., Harkins G.W., Peterschmitt M., Malmstrom C., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. ISME Journal, 12 : p. 174-184.

DOI: 10.1038/ismej.2017.155

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Increase in taxonomic assignment efficiency of viral reads in metagenomic studies

François S., Filloux D., Frayssinet M., Roumagnac P., Martin D.P., Ogliastro M., Froissart R.. 2018. Virus Research, 244 : p. 230-234.

DOI: 10.1016/j.virusres.2017.11.011

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Nanopore-based detection and characterization of yam viruses

Filloux D., Fernandez E., Loire E., Claude L., Galzi S., Candresse T., Winter S., Jeeva M.L., Makeshkumar T., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. Scientific Reports, 8 : 11 p..

DOI: 10.1038/s41598-018-36042-7

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Nanovirus-alphasatellite complex identi ed in Vicia cracca in the Rho^ne delta region of France

Gallet R., Kraberger S., Filloux D., Galzi S., Fontes H., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P.. 2018. Archives of Virology, 163 (3) : p. 695-700.

DOI: 10.1007/s00705-017-3634-4

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The westward journey of alfalfa leaf curl virus

Davoodi Z., Bejerman N., Richet C., Filloux D., Kumari S.G., Chatzivassiliou E.K., Galzi S., Julian C., Samarfard S., Trucco V., Giolitti F., Fiallo-Olivé E., Navas-Castillo J., Asaad N., Rahman Moukahel A., Hijazi J., Mghandef S., Heydarnejad J., Massumi H., Varsani A., Dietzgen R.G., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. Viruses, 10 (10) : 16 p..

DOI: 10.3390/v10100542

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Viral metagenomic-based screening of sugarcane from florida reveals occurrence of six sugarcane-infecting viruses and high prevalence of Sugarcane yellow leaf virus

Filloux D., Fernandez E., Comstock J.C., Mollov D.S., Roumagnac P., Rott P.. 2018. Plant Disease, 102 (11) : p. 2317-2323.

DOI: 10.1094/PDIS-04-18-0581-RE

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

From spatial metagenomics to molecular characterization of plant viruses: A geminivirus case study

Claverie S., Bernardo P., Kraberger S., Hartnady P., Lefeuvre P., Lett J.M., Galzi S., Filloux D., Harkins G.W., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. In : Malmstrom Carolyn M. (ed.). Environmental virology and virus ecology. Burlington : Academic Press, p. 55-83. (Advances in Virus Research, 101).

DOI: 10.1016/bs.aivir.2018.02.003

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Viral metagenomics and sugarcane pathogens

Roumagnac P., Mollov D.S., Daugrois J.H., Filloux D.. 2018. In : Rott Philippe (ed.). Achieving sustainable cultivation of sugarcane. Volume 2: Breeding, pests and diseases. Cambridge : Burleigh Dodds Science Publishing, p. 183-200. (Burleigh Dodds Series in Agricultural Science).

Chapitre d'ouvrage

Viral metagenomics approaches for high-resolution screening of multiplexed arthropod and plant viral communities

François S., Filloux D., Fernandez E., Ogliastro M., Roumagnac P.. 2018. In : Pantaleo Vitantonio (ed.), Chiumenti Michela (ed.). Viral metagenomics: methods and protocols. New York : Humana Press, p. 77-95. (Methods in Molecular Biology, 1746).

DOI: 10.1007/978-1-4939-7683-6_7

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Development of MetaXplor: a viral metagenomics database. P29

Filloux D., Petel A., Sempere G., Claverie S., Lefeuvre P., Mahe F., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 50-50. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Étude de la diversité des virus des plantes conservés dans les herbiers

Delattre R., Julian C., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P.. 2018. In : Actes de conférences : Le printemps de Baillarguet. Montpellier : CIRAD, p. 12-12. Le printemps de Baillarguet 2018. 10, 2018-05-28/2018-05-29, Montpellier.

Résumé

Communication de congrès

Exploring within-host diversity of plant viruses in rice agrosystems using two high-throughput sequencing strategies

Poulicard N., Dereeper A., Pinel-Galzi A., Fernandez E., Julian C., Hubert J., Filloux D., Fargette D., Roumagnac P., Hebrard E.. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. Montpellier : International Phytobiomes Alliance; INRA, p. 68-68. International phytobiomes conference. 2, 2018-12-04/2018-12-06, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Genomic characterization of sugarcane mild mosaic virus

Filloux D., Fernandez E., Mollov D.S., Julian C., Rott P., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2018. In : Book of Abstracts XII ISSCT Pathology Workshop. Coimbatore : ISSCT, p. 26-27. ISSCT Pathology Workshop. 12, 2018-09-03/2018-09-07, Coimbatore (Inde).

Communication de congrès

Geometagenomics: A second metagenomics generation to better understand plant virus ecology and evolution

Filloux D., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. Liège : s.n., 1 p.. Final Meeting of COST-DIVAS Action: HTS Technologies for the study and diagnostic of plant viruses, 2018-11-26/2018-11-30, Liège (Belgique).

Résumé

Communication de congrès

Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale. O13

Bernardo P., Charles-Dominique T., Barakat M., Ortet P., Fernandez E., Filloux D., Hartnady P., Rebelo T.A., Cousins S., Mesleard F., Cohez D., Yaverkovski N., Varsani A., Harkins G.W., Peterschmitt M., Malmstrom C., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 25-26. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Identification of two SCYLV recombinants between different genotypes in the germplasm collection of Guadeloupe

Fernandez E., Filloux D., Julian C., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2018. In : Book of Abstracts XII ISSCT Pathology Workshop. Coimbatore : ISSCT, p. 28-28. ISSCT Pathology Workshop. 12, 2018-09-03/2018-09-07, Coimbatore (Inde).

Communication de congrès

Relationship between rice genetic diversity and microbiota composition in traditional Yuanyang rice terraces of China. P1

Filloux D., Ferdinand R., Fernandez E., Huang H., Jin B., He X., Ali S., Vernière C., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 32-32. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Rice genetic diversity and microbiome characterization of a centuries-old Chinese rice agro-system

Alonso P., Filloux D., Blondin L., Mahé F., Fournier E., Gladieux P., Ducasse A., Morel J.B., Mournet P., Huang H., Jin B., He X., Ferdinand R., Fernandez E., Vernière C., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. Montpellier : International Phytobiomes Alliance; INRA, p. 48-48. International phytobiomes conference. 2, 2018-12-04/2018-12-06, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Visacane sugarcane quarantine and its partner networks

Fernandez E., Thong-Chane A., Barau L., Filloux D., Guinet-Brial I., Mollow D., Julian C., Ferdinand R., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2018. In : Rao G.P. (ed;), Solomon S. (ed.), Li Yang-Rui (ed.), Swapna M. (ed.), Sinh Priyanka (ed.), Tiwari Ajay (ed.), Vanichsriratana Wirat (ed.), Uraichuen Sopon (ed.). Sugar crops improvement, biotechnology, Bio-refinery and diversification: Impacts on bio-based economy: 6th IAPSIT International Sugar Conference. Souvenir de presentation IS-2018. Udon Thani : TSSCT; IAPSIT, p. 52-52. IAPSIT International Sugar Conference. 6, 2018-03-06/2018-03-09, Udon Thani (Thaïlande).

Résumé

Communication de congrès

Complete genome sequences of cowpea polerovirus 1 and cowpea polerovirus 2 infecting cowpea plants in Burkina Faso

Palanga E., Martin D.P., Galzi S., Zabré J., Bouda Z., Bouma Neya J., Sawadogo M., Traoré O., Peterschmitt M., Roumagnac P., Filloux D.. 2017. Archives of Virology, 162 (7) : p. 2149-2152.

DOI: 10.1007/s00705-017-3327-z

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Genome sequences of a capulavirus infecting Plantago lanceolata in the Aland archipelago of Finland

Susi H., Laine A.L., Filloux D., Kraberger S., Farkas K., Bernardo P., Frilander M.J., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P.. 2017. Archives of Virology, 162 (7) : p. 2041-2045.

DOI: 10.1007/s00705-017-3298-0

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Occurrence of a novel mastrevirus in sugarcane germplasm collections in Florida, Guadeloupe and Réunion

Boukari W., Alcala-Briseño R.I., Kraberger S., Fernandez E., Filloux D., Daugrois J.H., Comstock J.C., Lett J.M., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P., Polston J.E., Rott P.. 2017. Virology Journal, 14 : 8 p..

DOI: 10.1186/s12985-017-0810-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Two novel Alphaflexiviridae members revealed by deep sequencing of the Vanilla (Orchidaceae) virome

Grisoni M., Marais A., Filloux D., Saison A., Faure C., Julian C., Theil S., Contreras S., Teycheney P.Y., Roumagnac P., Candresse T.. 2017. Archives of Virology, 162 (12) : p. 3855-3861.

DOI: 10.1007/s00705-017-3540-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of maize yellow mosaic virus infecting maize in Burkina Faso

Palanga E., Longué R.D.S., Koala M., Néya J.B., Traoré O., Martin D.P., Peterschmitt M., Filloux D., Roumagnac P.. 2017. New Disease Reports, 35 : p. 26.

DOI: 10.5197/j.2044-0588.2017.035.026

Article (b-revue à comité de lecture)

Development of bioinformatics tools for sequence data mining and virus discovery. [P40]

Filloux D., Petel A., Sempere G., Claverie S., Lefeuvre P., Mahe F., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 101-101. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Genetic diversity within yam Badnavirus species and their relationship with endogenous Dioscorea bacilliform virus sequences (eDBV) into yam genome. P61

Umber M., Gomez R.M., Filloux D., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 122-122. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Improved diagnosis tools for the detection of yam virus in the sanitation process and unveil virus-free accessions for international exchange. [P19]

Gomez R.M., Gélabale S., Filloux D., Gamiette F., Pavis C., Umber M.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 80-80. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based discovery and molecular characterization of a novel sugarcane mastrevirus. [P13]

Fernandez E., Boukari W., Alcala-Briseño R.I., Kraberger S., Filloux D., Lett J.M., Lefeuvre P., Comstock J.C., Daugrois J.H., Varsani A., Polston J.E., Rott P., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 74-74. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based discovery and molecular characterization of novel geminiviruses from two Mediterranean-climate biodiversity hotspots. [P57]

Galzi S., Bernardo P., Fernandez E., Julian C., Ferdinand R., Harkins G.W., Peterschmitt M., Martin D.P., Filloux D., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 118-118. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Spatial metagenomics illuminate the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale

Roumagnac P., Bernardo P., Charles-Dominique T., Fernandez E., Filloux D., Ortet P., Barakat M., Rebelo T.A., Cousins S., Mesleard F., Cohez D., Yaverkovski N., Varsani A., Harkins G.W., Peterschmitt M., Malmstrom C.M., Martin D.P.. 2017. Paris : INRA, p. 93-93. International Conference on Holobionts, 2017-04-19/2017-04-21, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Sugarcane mild mosaic virus: towards the full characterization of this sugarcane Ampelovirus re-discovered using metagenomics-based approaches. [P03]

Daugrois J.H., Candresse T., Fernandez E., Filloux D., Julian C., Teycheney P.Y., Mollov D.S., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 64-64. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Understanding how long-term microbiome-plant-environment interactions drive the emergence or non-emergence of rice diseases in the Chinese Yunnan province. [P39]

Alonso P., Filloux D., Ferdinand R., Blondin L., Baihui, He X., Vernière C., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 100-100. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Using preserved herbarium specimens to analyse past viral diversity: preliminary methodological results. [P53]

Julian C., Fernandez E., Lefeuvre P., Lett J.M., Bernardo P., Malmstrom C.M., Martin D.P., Filloux D., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 114-114. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Viral metagenomics-based approach to uncover mastreviruses diversity within Reunion Island's agroecological interfaces. [P50]

Claverie S., Ouattara A., Hoareau M., Hascoat J., Lebreton G., Grondin M., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 111-111. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Discovery of parvovirus-related sequences in an unexpected broad range of animals

François S., Filloux D., Roumagnac P., Bigot D., Gayral P., Martin D.P., Froissart R., Ogliastro M.. 2016. Scientific Reports, 6 (30880) : 13 p..

DOI: 10.1038/srep30880

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Metagenomic-based screening and molecular characterization of cowpea-infecting viruses in Burkina Faso

Palanga E., Filloux D., Martin D.P., Fernandez E., Gargani D., Ferdinand R., Zabré J., Bouda Z., Neya B., Sawadogo M., Traoré O., Peterschmitt M., Roumagnac P.. 2016. PloS One, 11 (10) : 21 p..

DOI: 10.1371/journal.pone.0165188

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular characterization and prevalence of two capulaviruses: Alfalfa leaf curl virus from France and Euphorbia caput-medusae latent virus from South Africa

Bernardo P., Muhire B., François S., Deshoux M., Hartnady P., Farkas K., Kraberger S., Filloux D., Fernandez E., Galzi S., Ferdinand R., Granier M., Marais A., Monge Blasco P., Candresse T., Escriu F., Varsani A., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P.. 2016. Virology, 493 : p. 142-153.

DOI: 10.1016/j.virol.2016.03.016

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Prevalence of Sugarcane yellow leaf virus in sugarcane producing regions in Kenya revealed by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method

Amata R.L., Fernandez E., Filloux D., Martin D.P., Rott P., Roumagnac P.. 2016. Plant Disease, 100 (2) : p. 260-268.

DOI: 10.1094/PDIS-05-15-0602-RE

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Deciphering plant-associated viruses at the agroecosystem scale using geometagenomics

Charles-Dominique T., Fernandez E., Filloux D., Ortet P., Barakat M., Rebelo T.A., Varsani A., Malmstrom C.M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2016. Helsinki : University of Helsinki, 1 p.. International Meeting on Wild Plant Pathosystems. 2, 2016-08-29/2016-08-31, Helsinki (Finlande).

Résumé

Communication de congrès

Identification of a new Mastrevirus of Saccharum barberi, Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum in Florida

Boukari W., Alcala-Briseño R.I., Kraberger S., Fernandez E., Filloux D., Comstock J.C., Varsani A., Roumagnac P., Polston J.E., Rott P.. 2016. Tampa : s.n., p. 1-2. APS annual meeting, 2016-07-30/2016-08-03, Tampa (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Improved diagnosis tools for the detection of yam virus in the sanitation process and unveil virus-free accessions for producers' exchange

Gomez R.M., Gélabale S., Filloux D., Gamiette F., Pavis C., Umber M.. 2016. In : Naves Michel (ed.), Angeon Valérie (ed.), Merlot Bérengère (ed.), Fahrasmane Louis (ed.), Diman Jean Louis (ed.), Labbé Patrick (ed.), Tra¿ond Patricia (ed.), Colon Wilfredo (ed.), Ozier Lafontaine Harry (ed.). Proceedings of the 52nd annual meeting of the Caribbean Food Crops Society: “Engineering Ecological Modernization of Agriculture / Exploring the Potential of Tropical Biological Resources for Innovation / Towards a Bio-Economic Development of Caribbean Co. Le Gosier : Caribbean Food Crops Society, p. 116-117. Caribbean food crops society annual meeting. 52, 2016-07-10/2016-07-16, Le Gosier (Guadeloupe).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based exploration of the genetic diversity of SCYLV in the sugarcane collection of Guadeloupe

Fernandez E., Filloux D., Julian C., Lubin Adjanoh N., Teycheney P.Y., Candresse T., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2016. In : Building bridges between disciplines for sustainable management of plant virus diseases. Avignon : INRA, p. 83. International Plant Virus Epidemiology Symposium. 13, 2016-06-06/2016-06-10, Avignon (France).

Résumé

Communication de congrès

The genomes of several plant species contain endogenous geminiviral sequences

Filloux D., Murrell S., Koohapitagtam M., Golden M., Julian J., Galzi S., Uzest M., Rodier-Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Winter S., Murrell B., Martin D.P., Roumagnac P.. 2016. In : 8th International Geminivirus Symposium. s.l. : s.n., p. 1-1. International Geminivirus Symposium. 8, 2016-11-07/2016-11-10, New Delhi (Inde).

Résumé

Communication de congrès

Alfalfa leaf curl virus: an aphid-transmitted geminivirus

Roumagnac P., Granier M., Bernardo P., Deshoux M., Ferdinand R., Galzi S., Fernandez E., Julian C., Abt I., Filloux D., Mesleard F., Varsani A., Blanc S., Martin D.P., Peterschmitt M.. 2015. Journal of Virology, 89 (18) : p. 9683-9688.

DOI: 10.1128/JVI.00453-15

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Metagenomic analysis of the sugarcane virome in Florida reveals prevalent and potential novel viruses

Fernandez E., Filloux D., Comstock J.C., Roumagnac P., Rott P.. 2015. Phytopathology, 105 (11S) : p. S4.43. 2015 APS Annual Meeting, 2015-08-01/2015-08-05, Pasadena (Etats-Unis).

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The genomes of many yam species contain transcriptionally active endogenous geminiviral sequences that may be functionally expressed

Filloux D., Murrell S., Koohapitagtam M., Golden M., Julian C., Galzi S., Uzest M., Rodier-Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Winter S., Murrell B., Martin D.P., Roumagnac P.. 2015. Virus Evolution, 1 (1) : 17 p..

DOI: 10.1093/ve/vev002

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

Metagenomics approaches based on virion-associated nucleic acids (VANA): an innovative tool for assessing without A priori viral diversity of plants

Filloux D., Dallot S., Delaunay A., Galzi S., Jacquot E., Roumagnac P.. 2015. In : Lacomme Christophe (ed.). Plant pathology: techniques and protocols. New York : Springer [Etats-Unis], p. 249-257. (Methods in Molecular Biology, 1302).

DOI: 10.1007/978-1-4939-2620-6_18

Résumé

Chapitre d'ouvrage

SNaPshot and CE-SSCP: two simple and cost-effective methods to reveal genetic variability within a virus species

Delaunay A., Dallot S., Filloux D., Dupuy V., Roumagnac P., Jacquot E.. 2015. In : Lacomme Christophe (ed.). Plant pathology: techniques and protocols. New York : Springer [Etats-Unis], p. 187-206. (Methods in Molecular Biology, 1302).

DOI: 10.1007/978-1-4939-2620-6_15

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Impact of NGS-based diagnosis on sugarcane quarantine processes

Daugrois J.H., Darroussat M.J., Fenouillet C., Ferdinand R., Fernandez E., Filloux D., Galzi S., Guinet-Brial I., Julian C., Lubin N., Roques D., Roumagnac P.. 2015. In : Book of abstracts. XI Pathology and IX Entomology ISSCT joint Workshop. Guayaquil : FIADE, p. 17-17. ISSCT Pathology Workshop. 11, 2015-09-14/2015-09-18, Guayaquil (Equateur).

Résumé

Communication de congrès

Improved diagnostic tools for the detection badnaviruses in yams unveil the existence of endogenous sequences of extant badnavirus species in yams. [O.36]

Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Gomez R.M., Roumagnac P., Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 51-51. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Looking for the vector of the latest discovered geminivirus genus, Capulavirus. [P.48]

Bernardo P., Deshoux M., Granier M., Ferdinand R., Galzi S., Fernandez E., Blanc S., Filloux D., Peterschmitt M., Roumagnac P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 106-106. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomic discovery, worldwide distribution and genetic diversity of novel macluraviruses infecting yams (Dioscorea spp.). [P.28]

Filloux D., Bonheur L., Umber M., Pavis C., Fernandez E., Galzi S., Julian C., Daugrois J.H., Sukal A., Winter S., Teycheney P.Y., Candresse T., Roumagnac P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 86-86. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomic screening of the sugarcane virome in Florida. [P.36]

Fernandez E., Filloux D., Comstock J.C., ElSayed A., Roumagnac P., Rott P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 94-94. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based detection of viruses infecting cowpea in Burkina-Faso. [P.30]

Palanga E., Fernandez E., Filloux D., Ferdinand R., Bouma Neya J., Sawadogo M., Traoré O., Peterschmitt M., Roumagnac P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 88-88. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Molecular characterization of novel viral species of the families Closteroviridae and Secoviridae infecting yams. [P.07]

Teycheney P.Y., Gomez R.M., Lange D., Pavis C., Umber M., Acina Manbole I.N., Bonheur L., Filloux D., Roumagnac P., Candresse T., Contreras S., Faure C., Marais A., Svanella-Dumas L., Theil S.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 65-65. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Viral treasure hunt in European outermost territories: how metagenomics boosts the discovery of novel viral species in tropical and sub-tropical crops germplasm. [O.18]

Teycheney P.Y., Bandou E., Gomez R.M., Lange D., Pavis C., Umber M., Acina Manbole I.N., Bonheur L., Daugrois J.H., Fernandez E., Filloux D., Julian C., Roumagnac P., Grisoni M., Pierret A., Rubington M., Candresse T., Contreras S., Faure C., Marais A., Theil S., Da Câmara Machado A., Mendonça D., Pinheiro de Carvalho M.A.A., Silva E.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 30-30. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Worldwide genetic diversity of Sugarcane white streak virus. [P.43]

Fenouillet C., Filloux D., Galzi S., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 101-101. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Appearances can be deceptive: Revealing a hidden viral infection with deep sequencing in a plant quarantine Context

Candresse T., Filloux D., Muhire B., Julian C., Galzi S., Fort G., Bernardo P., Daugrois J.H., Fernandez E., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P.. 2014. PloS One, 9 (7) : 13 p..

DOI: 10.1371/journal.pone.0102945

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular characterization of yam virus X, a new potexvirus infecting yams (Dioscorea spp) and evidence for the existence of at least three distinct potexviruses infecting yams

Acina Manbole I.N., Bonheur L., Svanella-Dumas L., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Lange D., Anzala F., Pavis C., Marais A., Roumagnac P., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2014. Archives of Virology, 159 (12) : p. 3421-3426.

DOI: 10.1007/s00705-014-2211-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Positional cloning of the rice male sterility gene ms-IR36, widely used in the inter-crossing phase of recurrent selection schemes

Frouin J., Filloux D., Taillebois J.E., Grenier C., Montes F., De Lamotte F., Verdeil J.L., Courtois B., Ahmadi N.. 2014. Molecular Breeding, 33 (3) : p. 555-567.

DOI: 10.1007/s11032-013-9972-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species

Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Roumagnac P., Iskra Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y., Seal S.. 2014. Molecular Plant Pathology, 15 (8) : p. 790-801.

DOI: 10.1111/mpp.12137

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The prevalence of badnaviruses in West African yams (Dioscorea cayenensis-rotundata) and evidence of endogenous pararetrovirus sequences in their genomes

Seal S., Turaki A., Muller E., Lava Kumar P., Kenyon L., Filloux D., Galzi S., Lopez-Montes A., Iskra Caruana M.L.. 2014. Virus Research, 186 : p. 144-145. International Plant Virus Epidemiology Symposium. 12, 2013-01-28/2013-02-01, Arusha (Tanzanie (République unie de)).

DOI: 10.1016/j.virusres.2014.01.007

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

A novel itera-like densovirus isolated by viral metagenomics from the sea barley Hordeum marinum

François S., Bernardo P., Filloux D., Roumagnac P., Yaverkovski N., Froissart R., Ogliastro M.. 2014. Genome Announcements, 2 (6) : 2 p..

DOI: 10.1128/genomeA.01196-14

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

Assessment and characterization of the genetic diversity of viruses infecting cultivated yams (Dioscorea spp.) in Haïti

Galzi S., Scutt R., Prophète P., Roumagnac P., Filloux D.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 70-70. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Cartographie des virus de l'igname en Haïti : risques pour la production et recommandations

Filloux D., Galzi S., Scutt R., Prophete E., Roumagnac P.. 2013. In : Conférence finale du projet DEVAG Réseau caribéen pour le développement de systèmes horticoles agroécologique. s.l. : s.n., 1 p.. Conférence finale du projet DEVAG, 2013-12-05, Schoelcher (Martinique).

Résumé

Communication de congrès

Characterisation of badnaviruses and endogenous pararetroviruses in West African yam breeding lines

Turaki A., Lava Kumar P., Lopez-Montes A., Seal S., Muller E., Galzi S., Filloux D., Iskra Caruana M.L.. 2013. In : Lava Kumar P. (ed), Lopez Katherine (ed.), Njuguma Catherine (ed.). Building bridges between disciplines for sustainable management of plant virus diseases. Ibadan : IITA, p. 63. International Plant Virus Epidemiology Symposium. 12, 2013-01-28/2013-02-01, Arusha (Tanzanie (République unie de)).

Résumé

Communication de congrès

Characterization and diagnostic of Yam virus X (YVX) and Yam necrosis virus (YNV), two novel viruses infecting yams in Guadeloupe

Acina Manbole I.N., Bonheur L., Anzala F., Gomez R.M., Lange D., Faure C., Marais A., Pavis C., Roumagnac P., Filloux D., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 57-57. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Characterization of new endogenous geminiviral elements in yam (Dioscorea spp.) genomes

Filloux D., Koohapitagtam M., Golden M., Julian C., Galzi S., Rodier-Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 5-5. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Characterization of novel, highly divergent geminiviruses and insights into the evolutionary history of geminiviruses

Bernardo P., Ortet P., Barakat M., Rebelo A., Cousins S., Fernandez E., Mesleard F., Peterschmitt M., Filloux D., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : 7th International Geminvirus Symposium and 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, Hangzhou, China, November 3-9, 2013. s.l. : s.n., 1 p.. International Geminvirus Symposium. 7, 2013-11-03/2013-11-09, Hangzhou (Chine).

Communication de congrès

Diverse circular single-stranded DNA viruses discovered from research greenhouses and agro-ecosystems

Fort G., Bernardo P., Fernandez E., Galzi S., Filloux D., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 66-66. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Geo-metagenomics: deciphering the spatial biodiversity of plant viruses associated with the unique fynbos ecosystem of Southern Africa and its neighbouring agro-ecosystem

Bernardo P., Ortet P., Barakat M., Rebelo A., Cousins S., Fernandez E., Peterschmitt M., Filloux D., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : EMBO Workshop Green Viruses, from Gene to Landscape, 7-11 September 2013, Hyères-les-Palmiers, France : programme and abstracts book. s.l. : s.n., p. 43-43. EMBO Workshop Green Viruses, from Gene to Landscape, 2013-09-07/2013-09-11, Hyères-les-Palmier (France).

Résumé

Communication de congrès

Geo-metagenomics: deciphering the spatial biodiversity of ssDNA viruses associated with Western Cape and Camargue agroecosystems

Bernardo P., Ortet P., Barakat M., Rebelo A., Cousins S., Fernandez E., Mesleard F., Peterschmitt M., Filloux D., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : 7th International Geminvirus Symposium and 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, Hangzhou, China, November 3-9, 2013. s.l. : s.n., 1 p.. International Geminvirus Symposium. 7, 2013-11-03/2013-11-09, Hangzhou (Chine).

Résumé

Communication de congrès

Improvement of three nucleic acid isolation protocols for an overall diagnosis of viruses on six vegetative propagated plants

Julian C., Bernardo P., Fernandez E., Galzi S., Grisoni M., Da Silva Mendoça D.M., Pavis C., Roumagnac P., Filloux D.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 75-75. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Pathology and viral metagenomics, a recent history

Bernardo P., Fernandez E., Filloux D., Albina E., Eloit M., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 20-20. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Towards a better characterization of endogenous badnavirus sequences of yams (Dioscorea spp.)

Umber M., Laboureau N., Muller E., Roumagnac P., Iskra Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y., Filloux D.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 99-99. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Yam virus X (YVX) et Yam necrosis virus (YNV), deux nouveaux virus des genres Potexvirus et Sadwavirus infectant les ignames en Guadeloupe

Acina Manbole I.N., Bonheur L., Anzala F., Gomez R.M., Lange D., Faure C., Filloux D., Roumagnac P., Marais A., Candresse T., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2012. In : Attard Agnès (ed.), Barny Marie-Anne (ed.), Brisset Marie-Noelle (ed.), Cilas Christian (ed.), Dellagi Alia (ed.), Desprez-Loustau Marie-Laure (ed.), Expert Dominique (ed.), Fabre Frédéric (ed.), Fagard Mathilde (ed.), Fudal Isabelle (ed.), Genin Stéphane. 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés. Paris : SFP, p. 73-73. Congrès de la Société française de phytopathologie. 8, 2012-06-05/2012-06-08, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Découverte et analyse de séquences de type Geminiviridae intégrées au génome des Dioscoreaceae : une aide pour la phylogénie ?

Filloux D.. 2011. In : Rémy Froissart, Samuel Alain. Workshop 2011 du Réseau Evolution Virale (REV), 6-7 octobre 2011, Montpellier, France. s.l. : s.n., p. 12-12. Workshop 2011 du Réseau Evolution Virale (REV), 2011-10-06/2011-10-07, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Exploration de la diversité virale des ignames (Dioscorea spp.) cultivées de Madagascar et implications pour le contrôle de l'état sanitaire des plantations

Filloux D., Rajaonah M.T., Jeannoda V.. 2011. In : Atelier thématique Agronomie et écosystème Programme CORUS et Aires-Sud, Antananarivo, Madagascar, 21-26 mars 2011. s.l. : s.n., 12 p.. Atelier thématique Agronomie et écosystème, 2011-03-21/2011-03-26, Antananarivo (Madagascar).

Résumé

Communication de congrès

Exploration sans a priori de la biodiversité phytovirale de l'igname (Dioscorea spp.) en serre de quarantaine

Filloux D., Galzi S., Fernandez E., Roumagnac P.. 2011. In : SFP. 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. s.l. : s.n., 1 p.. Rencontres de virologie végétale. 13, 2011-01-16/2011-01-20, Aussois (France).

Communication de congrès

Géo-métagénomique. Déchiffrer la biodiversité spatiale des phytovirus associés à des agro-écosystèmes tropicaux et méditerranéens

Fernandez E., Galzi S., Filloux D., Girard J.C., Martin D.P., Roumagnac P.. 2011. In : SFP. 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. s.l. : s.n., 1 p.. Rencontres de virologie végétale. 13, 2011-01-16/2011-01-20, Aussois (France).

Communication de congrès

Molecular characterization of Secoviridae and Potexvirus infecting yams (Dioscorea spp)

Anzala F., Filloux D., Gomez R.M., Roumagnac P., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2011. In : 15th International Congress of Virology, 11-16 September 2011, Sapporo, Japon : International Union of Microbiological Societies 2011 Congress (IUMS 2011), 6-16 September, Sapporo, Japon. s.l. : s.n., 1 p.. International Congress of Virology. 15, 2011-09-11/2011-09-16, Sapporo (Japon).

Résumé

Communication de congrès

The INTERREG-DEVAG project : a regional network for the development of agroecological cropping systems for horticultural crops in the Carribbean

Fernandes P., Lavigne C., Rhino B., Langlais C., Deberdt P., Diédhiou S., Ratnadass A., Jannoyer M., Malézieux E., Filloux D.. 2011. In : Benkeblia Noureddine (ed.). Proceedings of the First International symposium on tropical horticulture, Kingston, Jamaica, November 22-26, 2010. Louvain : ISHS [Belgique], p. 147-151. (Acta Horticulturae, 894). International Society for Horticultural Science.

Résumé

Communication de congrès

The INTERREG-DEVAG project: a regional network for the development of agroecological cropping systems for horticultural crops in the Caribbean

Fernandes P., Otero Pujol L., Padron Cespedes E.C., Mazorra Calero C.A., Prophete E., De Lacroix S., Lavigne C., Eunide Alphonse M., Cueto Rodriguez J.R., Fernandez Delgado J., Fontes Marrero D., Chauvet E., Arnau G., Pena Turruellas E., Borges M., Lezcano Mas Y., Filloux D., Carvil N., Pinon Gomez M., Del Vallin Borrego G., Temple L., Duchaufour H., Crux Borruel M., Rhino B., Langlais C., Deberdt P., Diédhiou S., Dick R., Ratnadass A., Jannoyer-Lesueur M., Malézieux E.. 2011. In : Assuring carribean food and nutrition security in the context of climate change : 47th Annual meeting Caribbean Food Crops Society (CFCS), Bridgetown, Barbade, July 3rd-9th, 2011. s.l. : s.n., 1 p.. Annual Meeting of Caribbean Food Crops Society. 47, 2011-07-03/2011-07-09, Bridgetown (Barbade).

Communication de congrès

Caractérisation génétique et virale des ignames cultivées de Madagascar

Rajaonah M.T., Chaïr H., Rodier M., Filloux D., Jeannoda V.. 2010. In : 19ème Congrès de l'AETFAT sur la diversité des plantes africaines, systématique et développement durable, 25-30 avril 2010, Madagascar. s.l. : s.n., 1 p.. Congrès de l'AETFAT sur la diversité des plantes africaines, systématique et développement durable. 19, 2010-04-25/2010-04-30, (Madagascar).

Communication de congrès

The INTERREG-DEVAG project: a regional network for the development of agroecological cropping systems for horticultural crops in the Caribbean

Fernandes P., Otero Pujol L., Padron Cespedes E.C., Mazorra Calero C.A., Prophète C., De Lacroix S., Lavigne C., Eunide Alphonse M., Cueto Rodriguez J.R., Fernandez Delgado J., Fontes Marrero D., Chauvet E., Arnau G., Pena Turruellas E., Borges M., Lezcano Mas Y., Filloux D., Carvil N., Pinon Gomez M., Del Vallin Borrego G., Temple L., Duchaufour H., Crux Borruel M., Rhino B., Langlais C., Deberdt P., Diédhiou S., Ratnadass A., Jannoyer M., Malézieux E.. 2010. In : First International Symposium on Tropical Horticulture (TropHort 2010), November, 22-26, 2010, Kingston, Jamaica. s.l. : s.n., 1 p.. International Symposium on Tropical Horticulture. 1, 2010-11-22/2010-11-26, Kingston (Jamaïque).

Communication de congrès

Detection and partial characterization of two new potexviruses infecting yams (Dioscorea spp.)

Filloux D., Galzi S.. 2009. In : 15th Triennal Symposium of the International Society for Tropical Root Crops (ISTRC). Tropical roots and tubers in a changing climate: A convement opportunity for the world, 2-6 November 2009, Lima, Peru. s.l. : s.n., 1 p.. Symposium of the International Society for Tropical Root Crops. 15, 2009-11-02/2009-11-06, Lima (Pérou).

Communication de congrès

Efforts récents pour la détection et la caractérisation des virus infectant les ignames (Dioscorea spp.) pour garantir l'état sanitaire du germplasme

Filloux D., Galzi S., Pereira de Andrade G., Pio-Ribeiro G., Gallet S., Umber M., Gamiette F.. 2009. In : SFP. 12èmes Rencontres de virologie végétale, Aussois du 18 au 22 janvier 2009. s.l. : s.n., 1 p.. Rencontres de virologie végétale. 12, 2009-01-18/2009-01-22, Aussois (France).

Communication de congrès

Assessment of phyosanitary problems of yam in Northeastern Brazil

Andrade G.P., Khalid M.A., Xavier D.M., Vernier P., Filloux D., Pio-Ribeiro G.. 2008. In : Meeting of the Brazilian Phytopathological Society, Belo Horizonte, Brazil, August 10-15 2008. s.l. : s.n., 1 p.. Meeting of the Brazilian Phytopathological Society, 2008-08-10/2008-08-15, Belo horizonte (Brésil).

Communication de congrès

Cryopreservation of yam germplasm in Guadeloupe (FWI)

Gallet S., Gamiette F., Filloux D., Engelmann F.. 2007. Advances in Horticultural Science, 21 (4) : p. 244-246.

Article (b-revue à comité de lecture)

Ocorrência de YMMV em Dioscorea alata no estado de Pernambuco : [Poster, Resumo]

Andrade G.P., Silva A.K.S., Filloux D., Pio-Ribeiro G., Kitajima E.W., Xavier D.M., Nascimento R.J.. 2006. Fitopatologia Brasileira, 31 : S344.

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

La cartographie de la population de IR64/ Azucena

Guiderdoni E., Courtois B., Huang N., Mc Couch S.R., Ghesquière A., Lorieux M., Filloux D., Albar L., Ahmadi N., Tharreau D., Nottéghem J.L.. 2006. In : Rocchi Daniel (ed.), Despréaux Denis (ed.), Frison Emile A. (ed.), Hubert Bernard (ed.), Lantin Manuel M. (ed.). La France et le CGIAR : delivering scientific results for agricultural development. Washington : CGIAR, p. 34-38.

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Effects of sucrose and growth regulators on the multiplication and the microtuberization of yams (Dioscorea spp.)

Carlier A., Odah K., Filloux D., Vernier P., Du Jardin P.. 2006. In : 20ème International Congress on Plant Tissue and Cell Culture, 20 octobre 2006, Gembloux, Belgique. s.l. : s.n., 1 p.. International Congress on Plant Tissue and Cell Culture. 20, 2006-10-20, Gembloux (Belgique).

Communication de congrès

Indexing and elimination of viruses infecting yams (Dioscorea spp.) for the safe movement of germplasm

Filloux D., Girard J.C.. 2006. In : International Society for Tropical Root Crop. Roots and tubers for sustainable development, issues and strategies : Proceedings of the 14th triennal Symposium, Thiruvananthapuram Kerala, India, 20-26 november 2006. s.l. : s.n., 13 p.. ISTRC Triennal Symposium. 14, 2006-11-20/2006-11-26, Thiruvananthapuram (Inde).

Résumé

Communication de congrès

Plantas de inhame en Pernambuco e Paraiba apresentam infecções simples e mista por potyvirus e badnavirus [Abstract and Poster]

Pio-Ribeiro G., Andrade G.P., Filloux D., Vernier P., Melo-Filho P.A., Almeida H.S.M., Xavier A.S.. 2006. In : 39e Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 14-18 agosto 2006, Salvador, Brésil. s.l. : s.n., 2 p.. Congresso Brasileiro de Fitopatologia. 39, 2006-08-14/2006-08-18, Salvador (Brésil).

Résumé

Communication de congrès

Appui au système national semencier pour la valorisation et l'amélioration variétale des ignames Haïti : rapport de mission du 19 novembre au 4 décembre 2005

Filloux D.. 2006. Montpellier : CIRAD-CA, 27 p..

Résumé

Rapport de mission

Using molecular markers in rice population through recurrent selection

Courtois B., Filloux D., Ahmadi N., Noyer J.L., Billot C., Guimaraes E.P.. 2005. In : Guimaraes Elcio Perpetuo (ed.). Population improvement: A way of exploiting the rice genetic resources of Latin America. Rome : FAO, p. 53-74.

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Quarantaine de plantes à racines et tubercules pour l'échange international de matériel végétal sain

Filloux D., Girard J.C.. 2005. In : CFCS, Guadeloupe. 41st Annual Meeting of the Carribean Food Crop Society = 41ème Congrès annuel de la Société Caraïbe pour les Plantes Alimentaires, 10-16 juillet 2005, Gosier. s.l. : s.n., 1 p.. Annual Meeting of the Caribbean Food Crops Society. 41, 2005-07-10/2005-07-16, Gosier (Guadeloupe).

Communication de congrès

Pour la mise en place d'un centre de transit dédié aux plantes à racines et tubercules

Filloux D.. 2004. Troupeaux et Cultures des Tropiques (4) : p. 35-37.

Article (c-notoriété en attente de mise à jour)

Motivations et approche technique de la microtubérisation des ignames (Dioscorea sp)

Carlier A., Filloux D., Vernier P., Odah K., Du Jardin P.. 2004. In : Journées Scientifiques de l'AUF, 4-7 octobre 2004, Lomé, Togo. s.l. : s.n., 1 p.. Journées Scientifiques de l'AUF, 2004-10-04/2004-10-07, Lomé (Togo).

Communication de congrès

Uso de marcadores moleculares para el manejo de poblaciones de arroz mejoradas mediante la seleccion recurrente

Courtois B., Filloux D., Ahmadi N., Noyer J.L., Billot C., Guimaraes E.P.. 2003. In : Guimaraes Elcio Perpetuo (ed.). Mejoramiento poblacional, una alternativa para explorar los recursos genéticos del arroz en América latina. Cali : CIAT, p. 53-76.

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Development of microsatellite markers of chloroplastic genome studies in Citrus [S29-10]

Lotfy S., Luro F., Froelicher Y., Risterucci A.M., Filloux D., Ollitrault P.. 2003. In : 7th International Congress of Plant Molecular Biology, ISPMB 2003, Barcelona (Spain), June 23-28. Book of abstracts. Barcelone : ISPMB Office, p. 408-408. International Congress of Plant Molecular Biology. 7, 2003-06-23/2003-06-28, Barcelone (Espagne).

Résumé

Communication de congrès

Analyse de la diversité génétique d'une population restauratrice de fertilité utilisée pour la création de variétés hybrides de riz (Oryza sativa L.)

Filloux D.. 2001. Montpellier : UM2, 17 p.. Mémoire DEA -- Ressources phytogénétiques et intéractions biologiques.

Résumé

Mémoire

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne. Rapport d'activités 2000

Clément G., Louvel D., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 2001. Arles : Centre français du riz, 217 p..

Document technique

L'haplométhode appliquée aux riz méditerranéens. Station de Roujol, Guadeloupe. Mas d'Adrien, Camargue

Filloux D., Louvel D., Clément G., Séguy J.L., Lambertin R.. 2001. In : Clément Guy, Louvel Didier, Séguy Jean-Louis, Lambertin Robert, Filloux Denis, Guiderdoni Emmanuel, Taillebois James E.. L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne. Rapport d'activités 2000. Arles : Centre français du riz, p. 170-181.

Chapitre de rapport

La cytométrie en flux. Une technologie de pointe au service du développement

Filloux D., Jenny C., Ollitrault P., Totté P.. 2000. In : UAG. Journée la recherche s'affiche, Pointe-à-Pitre, Guadeloupe, 16 juin 2000. s.l. : s.n., 1 p.. Journée la recherche s'affiche, 2000-06-16, (Guadeloupe).

Communication de congrès

Appui à l'amélioration variétale du riz (Guadeloupe) : rapport analytique, campagne 1999

Filloux D.. 2000. Montpellier : CIRAD-CA, 18 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne : rapport d'activités 1999

Clément G., Louvel D., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 2000. In : L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne : rapport d'activités 1999. Arles : Centre français du riz, p. 12-21.

Chapitre de rapport

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne : rapport de synthèse 1999

Clément G., Louvel D., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 2000. In : L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne : rapport d'activités 1999. Arles : Centre français du riz, p. 1-10.

Chapitre de rapport

L'haplométhode appliquée aux riz méditérranéens, station de Roujol, Guadeloupe, Mas d'Adrien, Camargue

Filloux D., Clément G., Séguy J.L., Lambertin R.. 2000. In : L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne : rapport d'activités 1999. Arles : Centre français du riz, p. 136-157.

Chapitre de rapport

Appui à l'amélioration variétale du riz (Guadeloupe) : Rapport analytique. Campagne 1998-99

Filloux D.. 1999. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 15 p..

Document technique

Appui à l'amélioration variétale du riz (Guadeloupe). Rapport analytique. Campagne 1998

Filloux D.. 1998. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 25 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne, commission semences. Rapport de synthèse 1997

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1998. Arles : CIRAD-CA, 1-10.

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne. Rapport d'activités 1998

Clément G., Séguy L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1998. Montpellier : CIRAD-CA, 216 p..

Document technique

L'haplométhode appliquée aux riz méditerranéens. Station de Roujol, Guadeloupe. Mas d'Adrien, Camargue. Campagne 1997

Filloux D., Clément G., Séguy L., Lambertin R.. 1998. Arles : CIRAD-CA, 165-193.

Document technique

Participation au congrès "Anther and Pollen : from Biology to Biotechnology" du 09 au 10 avril 1998 organisé à Reims (France). Rapport de mission 07-14/04/98

Filloux D.. 1998. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 64 p.. Anther and pollen: from biology to biotechnology, 1998-04-09/1998-04-10, Reims (France).

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1997-1998

Filloux D.. 1998. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 16 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France méditeranéenne. Rapport d'activité 1997

Clément G., Séguy L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1997. Arles : CFR, 229 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne. Rapport d'activités 1996

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1997. Arles : CIRAD-CA, 203 p..

Document technique

Rapport d'activité 1996. Appui à l'amélioration variétale du riz : ressources génétiques, hybridations et androgenèse

Filloux D.. 1997. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 4 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique : campagne 1997

Filloux D.. 1997. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 11 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1996-1997

Filloux D.. 1997. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 17 p..

Document technique

Compte-rendu final d'ATP n.24/93. Mise au point et perfectionnement de techniques de production de plantes haploides et haplodiploïdes. Riz

Filloux D., Guiderdoni E.. 1997. In : Bakry Frédéric. Réunion MICAP du 3 avril 1997. Présentation finale de l'ATP/CIRAD : mise au point et perfectionnement de techniques de production de plantes haploïdes et haplodiploïdes. Montpellier : CIRAD-FLHOR, p. 21-41.

Chapitre de rapport

Le riz

Guiderdoni E., Courtois B., Filloux D.. 1996. In : Teisson C. Intégration chez les plantes tropicales 2 = [Integration in tropical plants]. Paris : AUPELF-UREF, p. 117-151.

Résumé

Chapitre d'ouvrage

La culture d'anthères de riz au CIRAD : bilan actuel des recherches et de l'utilisation des lignées HD

Filloux D., Courtois B., Guiderdoni E.. 1996. In : 06/96/Filloux D. Participation au colloque "haploïdie" du 21 juin 1996 organisé à l'INRA de Versailles. Rapport de mission, 19-22. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 1 p.. Congrès IAPTC-France haplométhodes, 1996-06-21, Versailles (France).

Communication de congrès

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne. Commission semences. Rapport d'activité 1995

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1996. Arles : CIRAD-CA, 228 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1995-1996

Filloux D.. 1996. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 28 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1996

Filloux D.. 1996. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 9 p..

Document technique

Participation au colloque "haploïdie" du 21 juin 1996 organisé à l'INRA de Versailles. Rapport de mission, 19-22/06/96

Filloux D.. 1996. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 20 p..

Rapport de mission

Anther culture for rice improvement at CIRAD-CA

Filloux D., Courtois B., Guiderdoni E.. 1995. In : Vasquez Nelly, Escalant Jean-Vincent. Symposium CIRAD/CATIE amélioration génétique et développement des cultures tropicales, 20 au 29 novembre 1995, Turrialba, Costa Rica. Turrialba : CATIE, p. 43-48. Simposio sobre Mejoramiento genético y desarrollo de los cultivos tropicales, 1995-11-20/1995-11-29, Turrialba (Costa Rica).

Communication de congrès

Androgenèse du riz. Rapport analytique. Campagne 1992 et 1993

Filloux D.. 1995. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 20 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France méditerranéenne. Commission semences. Rapport d'activité 1994

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1995. Arles : CFR, 229 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz. Rizière expérimentale du Mas d'Adrien. Rapport de synthèse 1994

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1995. Montpellier : CIRAD-CA, 13 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1994-1995

Filloux D.. 1995. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 15 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1995

Filloux D.. 1995. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 6 p..

Document technique

Compte-rendu de mission en Amérique Latine du 19 février au 11 mars 1995

Filloux D.. 1995. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 14 p..

Rapport de mission

Appui à l'amélioration variétale du riz : ressources génétiques, hybridations et androgenèse

Filloux D.. 1995. In : CIRAD. Rapport annuel : Guadeloupe 1995. Capesterre-Belle-Eau : CIRAD, 6 p..

Chapitre de rapport

Rice anther culture at CIRAD-CA

Filloux D., Courtois B., Guiderdoni E.. 1994. In : International upland rice breeders workshop. Scientific papers. Montpellier : CIRAD-CA, p. 1-3. International upland rice breeders workshop, 1993-09-06/1993-09-10, Montpellier (France).

Communication de congrès

L'amélioration variétale du riz : rizière expérimentale du Mas d'Adrien. Rapport de synthèse 1993

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1994. Montpellier : CIRAD-CA, 11 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz en France Méditerranéenne. Commission semences. Rapport d'activités 1993

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1994. Arles : CFR, 215 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1993-1994

Filloux D.. 1994. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 19 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1994

Filloux D.. 1994. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 13 p..

Document technique

L'amélioration variétale du riz. Rizière exprérimentale du mas d'Adrien. Rapport de synthèse 1993

Clément G., Séguy J.L., Lambertin R., Filloux D., Guiderdoni E., Taillebois J.E.. 1993. Montpellier : CIRAD-CA, 11 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1992-1993

Filloux D.. 1993. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 2 p..

Document technique

Ressources génétiques du riz en Guadeloupe. Rapport analytique. Campagne 1993

Filloux D.. 1993. Petit-Bourg : CIRAD-CA, 5 p..

Document technique